应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 如何使用oligo评价引物?
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 12490  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zdpdsg

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何使用oligo评价引物? 已有2人参与

1.这是我用Vector NTI 设计的引物
如何使用oligo评价引物?

但是扩不出来 然后我用oligo7对这对引物评价 这是结果
如何使用oligo评价引物?-1

看了一下 这对引物得分很低 只有8分? 然后我想问的是
(1)这些参数我该怎么看 这些数据(绝对值)应该是要高好 还是低好?我该如何判断?
Tm/tm:               65.7    64.9 °C (salt 155.8 mM, oligo 200.0 nM)
∆G/∆g (25 °C):   -35.6   -34.3 kcal/mol
∆S/∆s:               -452.6  -435.2 cal/°K * mol
∆H/∆h:              -170.6  -164.1 kcal/mol
3\\\'∆G:                   -7.0 kcal/mol
Degeneracy:         1
P.E.#:                  536/536
1/E:                     5.30 nmol/A260
                           34.0 μg/A260

(2)引物二聚体 发卡结构等 还有什么参数在引物设计中必要着重关注的? 这些参数我该如何判断?



2.用oligo7设计引物 效果好吗? 好像比Vector NTI 更专业一些 因为我们实验室的习惯是用Vector NTI 所以师兄师姐也只会用Vector NTI
   我打算用oligo7再设计一遍引物 再合成一次引物


麻烦各位大佬 解答一下我的疑惑 谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-08-19 16:28:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdpdsg

新虫 (初入文坛)
2楼2016-08-19 20:14:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdpdsg

新虫 (初入文坛)
3楼2016-08-21 01:25:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cm14704019

至尊木虫 (知名作家)
Vector NTI 怎样设计的引物?，能教我吗。。。我们科室一般都用primer5设计的

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2016-08-21 21:43:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lanhaizhixin

木虫 (著名写手)
感觉Vector NTI里设计的不太靠谱，它可能只考虑引物自身的Tm，不考虑和产物的一起，而且二级结构和稳定性评价可能也不做。推荐用Primer5设计，设计出来的基本上用Oligo6验证差别大多也不会太大。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
5楼2016-08-22 02:12:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

想学好的学渣

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不光要看这个，还要看发夹结构，自身引物二聚体的形成，这个软件都可以看，建议你网上搜下教程，单纯的讲比较混乱
赞一下 回复此楼
6楼2016-08-22 21:38:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccqqsunshine

金虫 (正式写手)
不用纠结引物问题，模板本身问题更大

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2016-08-23 09:15:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

渣渣一枚

新虫 (初入文坛)
你好，我想知道你的问题最后解决了吗？我也遇到同样的问题了

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
渣渣一枚，望大佬们多多关照
8楼2018-04-02 19:02:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

考研道

铁虫 (初入文坛)
楼主，你引物评价步骤能不能说说，我搞的不能选PCR这个选项
赞一下 回复此楼
9楼2018-06-08 11:30:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

以我的经验为例，首先看看“melt graph”，设计引物一般5'或者中间能量比3'高，之后看看那个评分，大约600分以上就还可以，之后再点击“ANALYSE”看看两个引物之间碱基互补情况（不要超过四个连续互补），之后再看看有无二聚体，发夹结构等

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2018-06-10 08:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zdpdsg 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 2026年华南师范大学欢迎化学，化工，生物，生医工等专业优秀学子加入！ +3 llss0711 2026-03-28 5/250 2026-03-29 00:23 by MRMFYTL
[考研] 一志愿郑州大学，080500学硕，总分317分求调剂 +5 举个栗子oi 2026-03-24 6/300 2026-03-28 23:03 by lizhi8172
[考研] 315求调剂 +4 akie... 2026-03-28 5/250 2026-03-28 21:05 by zhq0425
[考研] 332求调剂 +4 @MZB382400 2026-03-28 4/200 2026-03-28 21:02 by 唐沐儿
[考研] 【求调剂】085601材料工程专硕 | 总分272 | +6 脚滑的守法公民 2026-03-27 6/300 2026-03-28 11:02 by gjlllb
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +7 hanamiko 2026-03-27 7/350 2026-03-28 09:56 by 李上岸0921
[考研] 0703化学/290求调剂/本科经历丰富/工科也可 +9 丹青奶盖 2026-03-26 10/500 2026-03-28 07:45 by barnett0632
[考研] 275求调剂 +10 jjjjjjjjjjl 2026-03-27 10/500 2026-03-27 23:47 by barnett0632
[考博] 26申博 +3 加油冲啊！ 2026-03-26 3/150 2026-03-27 15:38 by cls512
[考研] 305求调剂 +5 哇卢卡库 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:01 by laoshidan
[考研] 333求调剂 +3 question挽风 2026-03-23 3/150 2026-03-27 11:29 by 不吃魚的貓
[考研] 0703化学338求调剂！ +6 Zuhui0306 2026-03-26 7/350 2026-03-27 10:35 by shangxh
[考研] 求b区院校调剂 +4 周56 2026-03-24 5/250 2026-03-25 17:12 by yishunmin
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
[考研] 各位老师您好：本人初试372分 +5 jj涌77 2026-03-25 6/300 2026-03-25 14:15 by mapenggao
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 289材料与化工（085600）B区求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-22 5/250 2026-03-25 08:20 by mx.yue
[有机交流] 有机合成求助 20+3 FENGSHUJEI 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:31 by 88817753
[考研] 材料专硕331求调剂 +4 鲜当牛 2026-03-24 4/200 2026-03-24 15:58 by JourneyLucky
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭