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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zdpdsg

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何使用oligo评价引物? 已有2人参与

1.这是我用Vector NTI 设计的引物
如何使用oligo评价引物?

但是扩不出来 然后我用oligo7对这对引物评价 这是结果
如何使用oligo评价引物?-1

看了一下 这对引物得分很低 只有8分? 然后我想问的是
(1)这些参数我该怎么看 这些数据(绝对值)应该是要高好 还是低好?我该如何判断?
Tm/tm:               65.7    64.9 °C (salt 155.8 mM, oligo 200.0 nM)
∆G/∆g (25 °C):   -35.6   -34.3 kcal/mol
∆S/∆s:               -452.6  -435.2 cal/°K * mol
∆H/∆h:              -170.6  -164.1 kcal/mol
3\\\'∆G:                   -7.0 kcal/mol
Degeneracy:         1
P.E.#:                  536/536
1/E:                     5.30 nmol/A260
                           34.0 μg/A260

(2)引物二聚体 发卡结构等 还有什么参数在引物设计中必要着重关注的? 这些参数我该如何判断?



2.用oligo7设计引物 效果好吗? 好像比Vector NTI 更专业一些 因为我们实验室的习惯是用Vector NTI 所以师兄师姐也只会用Vector NTI
   我打算用oligo7再设计一遍引物 再合成一次引物


麻烦各位大佬 解答一下我的疑惑 谢谢
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1楼 2016-08-19 16:28:18
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zdpdsg

新虫 (初入文坛)
2楼2016-08-19 20:14:54
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zdpdsg

新虫 (初入文坛)
3楼2016-08-21 01:25:50
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cm14704019

至尊木虫 (知名作家)
Vector NTI 怎样设计的引物?，能教我吗。。。我们科室一般都用primer5设计的

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4楼2016-08-21 21:43:32
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lanhaizhixin

木虫 (著名写手)
感觉Vector NTI里设计的不太靠谱，它可能只考虑引物自身的Tm，不考虑和产物的一起，而且二级结构和稳定性评价可能也不做。推荐用Primer5设计，设计出来的基本上用Oligo6验证差别大多也不会太大。

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5楼2016-08-22 02:12:56
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想学好的学渣

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不光要看这个，还要看发夹结构，自身引物二聚体的形成，这个软件都可以看，建议你网上搜下教程，单纯的讲比较混乱
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6楼2016-08-22 21:38:51
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ccqqsunshine

金虫 (正式写手)
不用纠结引物问题，模板本身问题更大

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7楼2016-08-23 09:15:24
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渣渣一枚

新虫 (初入文坛)
你好，我想知道你的问题最后解决了吗？我也遇到同样的问题了

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渣渣一枚，望大佬们多多关照
8楼2018-04-02 19:02:20
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考研道

铁虫 (初入文坛)
楼主，你引物评价步骤能不能说说，我搞的不能选PCR这个选项
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9楼2018-06-08 11:30:58
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

以我的经验为例，首先看看“melt graph”，设计引物一般5'或者中间能量比3'高，之后看看那个评分，大约600分以上就还可以，之后再点击“ANALYSE”看看两个引物之间碱基互补情况（不要超过四个连续互补），之后再看看有无二聚体，发夹结构等

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10楼2018-06-10 08:45:16
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