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如何使用oligo评价引物?已有2人参与
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1.这是我用Vector NTI 设计的引物  但是扩不出来 然后我用oligo7对这对引物评价 这是结果  看了一下 这对引物得分很低 只有8分? 然后我想问的是 (1)这些参数我该怎么看 这些数据(绝对值)应该是要高好 还是低好?我该如何判断? Tm/tm: 65.7 64.9 °C (salt 155.8 mM, oligo 200.0 nM) ∆G/∆g (25 °C): -35.6 -34.3 kcal/mol ∆S/∆s: -452.6 -435.2 cal/°K * mol ∆H/∆h: -170.6 -164.1 kcal/mol 3\\\'∆G: -7.0 kcal/mol Degeneracy: 1 P.E.#: 536/536 1/E: 5.30 nmol/A260 34.0 μg/A260 (2)引物二聚体 发卡结构等 还有什么参数在引物设计中必要着重关注的? 这些参数我该如何判断? 2.用oligo7设计引物 效果好吗? 好像比Vector NTI 更专业一些 因为我们实验室的习惯是用Vector NTI 所以师兄师姐也只会用Vector NTI  我打算用oligo7再设计一遍引物 再合成一次引物 麻烦各位大佬 解答一下我的疑惑 谢谢 |
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2楼2016-08-19 20:14:54
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3楼2016-08-21 01:25:50
cm14704019
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4楼2016-08-21 21:43:32
lanhaizhixin
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感觉Vector NTI里设计的不太靠谱，它可能只考虑引物自身的Tm，不考虑和产物的一起，而且二级结构和稳定性评价可能也不做。推荐用Primer5设计，设计出来的基本上用Oligo6验证差别大多也不会太大。 发自小木虫IOS客户端 |
5楼2016-08-22 02:12:56
想学好的学渣
铁杆木虫 (正式写手)
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6楼2016-08-22 21:38:51
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7楼2016-08-23 09:15:24
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渊博震天
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【答案】应助回帖
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以我的经验为例，首先看看“melt graph”，设计引物一般5'或者中间能量比3'高，之后看看那个评分，大约600分以上就还可以，之后再点击“ANALYSE”看看两个引物之间碱基互补情况（不要超过四个连续互补），之后再看看有无二聚体，发夹结构等 发自小木虫Android客户端 |
10楼2018-06-10 08:45:16