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zdpdsg

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何使用oligo评价引物?已有2人参与

1.这是我用Vector NTI 设计的引物
如何使用oligo评价引物?

但是扩不出来 然后我用oligo7对这对引物评价 这是结果
如何使用oligo评价引物?-1

看了一下 这对引物得分很低 只有8分? 然后我想问的是
(1)这些参数我该怎么看 这些数据(绝对值)应该是要高好 还是低好?我该如何判断?

Tm/tm:               65.7    64.9 °C (salt 155.8 mM, oligo 200.0 nM)
∆G/∆g (25 °C):   -35.6   -34.3 kcal/mol
∆S/∆s:               -452.6  -435.2 cal/°K * mol
∆H/∆h:              -170.6  -164.1 kcal/mol
3\\\'∆G:                   -7.0 kcal/mol
Degeneracy:         1
P.E.#:                  536/536
1/E:                     5.30 nmol/A260
                           34.0 μg/A260

(2)引物二聚体 发卡结构等 还有什么参数在引物设计中必要着重关注的? 这些参数我该如何判断?



2.用oligo7设计引物 效果好吗? 好像比Vector NTI 更专业一些 因为我们实验室的习惯是用Vector NTI 所以师兄师姐也只会用Vector NTI
   我打算用oligo7再设计一遍引物 再合成一次引物


麻烦各位大佬 解答一下我的疑惑 谢谢
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zdpdsg

新虫 (初入文坛)

3楼2016-08-21 01:25:50
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zdpdsg

新虫 (初入文坛)

2楼2016-08-19 20:14:54
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cm14704019

至尊木虫 (知名作家)

Vector NTI 怎样设计的引物?,能教我吗。。。我们科室一般都用primer5设计的

发自小木虫Android客户端
4楼2016-08-21 21:43:32
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lanhaizhixin

木虫 (著名写手)

感觉Vector NTI里设计的不太靠谱,它可能只考虑引物自身的Tm,不考虑和产物的一起,而且二级结构和稳定性评价可能也不做。推荐用Primer5设计,设计出来的基本上用Oligo6验证差别大多也不会太大。

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-08-22 02:12:56
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