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wangying0923

金虫 (小有名气)

[求助] 如何通过细菌基因组找到该细菌是否有新基因 已有2人参与

从生物公司测序回来获得一株细菌的精细图，经过后续的实验获得了全基因组，想请教怎样从中找出是否有新基因的存在？知识薄弱，求大神解答
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1楼 2016-07-28 22:31:38
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biosci

捐助贵宾 (职业作家)
所谓新，必须功能验证后才能证明新

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2楼2016-07-29 12:43:07
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starybirds

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangying0923: 金币+5 2016-07-29 15:13:53
你这其实就是想找找里面有没新的基因是吧，那你这菌是什么属什么种呢？这些应该知道吧，你可以讲他的全基因与已知的种进行比对，比对后就可以得出有没有新基因了
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3楼2016-07-29 12:56:56
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wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by starybirds at 2016-07-29 12:56:56
你这其实就是想找找里面有没新的基因是吧，那你这菌是什么属什么种呢？这些应该知道吧，你可以讲他的全基因与已知的种进行比对，比对后就可以得出有没有新基因了

这个方法也想过，一是基因组较大，比对起来不太好比对，二是感觉就算比对了也不能确定是否就是新基因，这方面不懂得太多
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4楼2016-07-29 15:14:00
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wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biosci at 2016-07-29 12:43:07
所谓新，必须功能验证后才能证明新

是么，涉及到功能方面估计我就无能为力了，实验室不做功能
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5楼2016-07-29 15:15:20
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Conan2015

新虫 (小有名气)
用prokka做基因组注释。找新基因没什么意义，每个细菌基因组都有10-60%的hypothetical protein, 你不做实验验证功能的话，得出的结论不可信。

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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wangying0923
6楼2016-08-01 10:49:30
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wangying0923

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by Conan2015 at 2016-08-01 10:49:30
用prokka做基因组注释。找新基因没什么意义，每个细菌基因组都有10-60%的hypothetical protein, 你不做实验验证功能的话，得出的结论不可信。

哦，这样啊，感觉是要做功能才行，那还是算了，谢谢！
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7楼2016-08-01 17:23:44
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素锦流年wang

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主问题不知道解决了没有？从您前面讲的感觉是一个未知菌株，后面又说想发现新的基因，不是很理解您说的，不过已知序列去和数据库进行比对这是个很好的方法，我这里有分析软件及最权威最全面的数据库，如果您数据还没有分析的话，我或许可以免费帮您分析看看。
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唯有努力才是永恒的需求，你若盛开，蝴蝶自来。
8楼2016-11-23 10:41:59
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