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Berza

金虫 (正式写手)
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全基因组数据，序列对比
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哪位大神知道怎样可以对两株菌的scafold 进行比对，并得到他们的差异基因呀？求回复~

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1楼 2016-07-25 16:40:35
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
82楼: Originally posted by Berza at 2016-07-27 12:38:41
二代测序有做GO,COG,KEGG注释，这些可以直接用来做比较吗，还是必须要把基因组数据放到您刚说的地方注释之后再比对呢？
...

都可以，和测序技术没啥关系，得到基因组的注释文件最关键，功能注释GO,COG,KEGG等等都是基于基因注释基础的
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83楼2016-07-27 23:39:49
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
82楼: Originally posted by Berza at 2016-07-27 12:38:41
二代测序有做GO,COG,KEGG注释，这些可以直接用来做比较吗，还是必须要把基因组数据放到您刚说的地方注释之后再比对呢？
...

刚刚看错了，如果有GO，COG和kegg注释，说明你的菌株，已经做过基因预测了，直接找公司要带注释结果的文件（GBK），有gbk文件，导入Mauve，才会出现你想要的结果
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Berza
84楼2016-07-27 23:43:09
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Berza

金虫 (正式写手)
得到差异基因及其功能注释。。。

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15楼2016-07-25 16:41:09
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happyxuezhou

新虫 (知名作家)
DNAMan

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18楼2016-07-25 16:41:20
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happyxuezhou

新虫 (知名作家)
引用回帖:
15楼: Originally posted by Berza at 2016-07-25 16:41:09
得到差异基因及其功能注释。。。

功能太高端了吧

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26楼2016-07-25 16:41:48
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Berza

金虫 (正式写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by happyxuezhou at 2016-07-25 16:41:20
DNAMan

我的序列是unordered的，可以放进去比较吗？也能得到注释？

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47楼2016-07-25 16:42:48
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Berza

金虫 (正式写手)
引用回帖:
26楼: Originally posted by happyxuezhou at 2016-07-25 16:41:48
功能太高端了吧
...

额，你们一般都用什么软件比对呢？

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54楼2016-07-25 16:43:20
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Berza

金虫 (正式写手)
引用回帖:
47楼: Originally posted by Berza at 2016-07-25 16:42:48
我的序列是unordered的，可以放进去比较吗？也能得到注释？
...

请问大神有用过Mauve吗？我看说明是可以有注释的，但是不知道为什么我的显示不出来，只能得到一个比对的图

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74楼2016-07-25 16:44:48
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你要先对两个菌株的草图序列进行基因注释，最简单的方法就是提交到rast注释系统进行基因组注释（rast.nmpdr.org/ ， 不会公开你的序列）或者也可以提交NCBI进行注释（同时可以拿到基因组的注释号），然后在进行基因组比较，可以采用Mauve软件，或者直接做本地blastp分析，都可以，不过本地blastP对结果的处理更加灵活。
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79楼2016-07-26 19:59:05
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Berza

金虫 (正式写手)
引用回帖:
78楼: Originally posted by 秋枫影月 at 2016-07-26 19:27:32
1

哈哈，收下啦

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80楼2016-07-27 12:30:18
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Berza

金虫 (正式写手)
引用回帖:
79楼: Originally posted by nanhu1984 at 2016-07-26 19:59:05
你要先对两个菌株的草图序列进行基因注释，最简单的方法就是提交到rast注释系统进行基因组注释（rast.nmpdr.org/ ， 不会公开你的序列）或者也可以提交NCBI进行注释（同时可以拿到基因组的注释号），然后在进行基因 ...

好的，跪谢，我这就试试~

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81楼2016-07-27 12:31:07
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Berza

金虫 (正式写手)
引用回帖:
79楼: Originally posted by nanhu1984 at 2016-07-26 19:59:05
你要先对两个菌株的草图序列进行基因注释，最简单的方法就是提交到rast注释系统进行基因组注释（rast.nmpdr.org/ ， 不会公开你的序列）或者也可以提交NCBI进行注释（同时可以拿到基因组的注释号），然后在进行基因 ...

二代测序有做GO,COG,KEGG注释，这些可以直接用来做比较吗，还是必须要把基因组数据放到您刚说的地方注释之后再比对呢？

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82楼2016-07-27 12:38:41
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Berza

金虫 (正式写手)
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引用回帖:
84楼: Originally posted by nanhu1984 at 2016-07-27 23:43:09
刚刚看错了，如果有GO，COG和kegg注释，说明你的菌株，已经做过基因预测了，直接找公司要带注释结果的文件（GBK），有gbk文件，导入Mauve，才会出现你想要的结果...

嗖嘎，我说怎么整不出来呢，我一直输的是fa格式的那个。。。

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85楼2016-07-30 10:56:24
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happyxuezhou

新虫 (知名作家)
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9楼2016-07-25 16:40:58
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