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帅气的新锅锅

铜虫 (初入文坛)

[求助] 关于转录组序列需不需要拿去克隆的问题 已有1人参与

各位大神:
     刚开始接触分子,很多都不懂,有个问题想请教一下各位,我师兄去年拿我们的实验材料送去测序,测得了转录组数据库,我在通路和功能注释里面找到了跟生长和免疫相关的一些基因序列,设计了引物,想拿去跑RT-PCR,验证不同处理对我们的实验材料的生长基因的表达有没有影响,实验材料定期取样。因为我们的材料在分子这块刚刚开始,以前没人做过相关的实验,我找的序列不是从NCBI里面直接查到的序列,是自己的转录组数据库里面的,内参也是自己库里的找到的β-actin相关的序列,引物是https://www.genscript.com/ssl-bin/app/primer这个网页设计的,试跑PCR之后,目的基因和内参都扩出来了,没有非特异性扩增二聚体之类的东西,只有一个峰,pcr产物也只有一条带,我想问的是,如果用自己库里的相关序列发表论文的话,人家期刊会不会不承认,认为测出来的序列不准确,需不需要拿去克隆,一定要克隆出来才能承认我们的序列是可用的吗?  希望各位大神予以解答。
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阿弥陀佛
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帅气的新锅锅

铜虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2016-07-13 14:14:20
是要尽量扩全长,高通量测序结果一般都是提交原始测序数据,拼接后得到的我不清楚能否单独提交,单独序列提交建议还是自己PCR后测序。如果你要研究基因功能肯定是要功能验证的。关于序列提交,可以先看我以前在小木 ...

我们的数据已经由师兄提交上去了,我现在只是验证一下转录组序列,然后跑定量,看一下该基因的表达量,请我我现在是不是只需要测序就行了?我不需要做功能验证。辛苦了~~
阿弥陀佛
6楼2016-07-13 19:27:06
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-07-12 07:31:33
xn8008: 金币+1, 应助指数+1, 欢迎发帖交流 2016-07-12 09:43:39
既然扩出来了,且只有一个峰,直接把PCR产物送测序,然后把测序结果和转录组结果比对一下,确定是你要扩的序列,很多期刊要求文章中的序列要有登录号,你可以把你测序验证后序列单另提交到NCBI的genbank数据库。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-07-11 19:59:59
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帅气的新锅锅

铜虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-07-11 19:59:59
既然扩出来了,且只有一个峰,直接把PCR产物送测序,然后把测序结果和转录组结果比对一下,确定是你要扩的序列,很多期刊要求文章中的序列要有登录号,你可以把你测序验证后序列单另提交到NCBI的genbank数据库。

您说的PCR产物是普通pcr的产物是吧,是不是尽量扩全长?我如果把我那一段目的序列上传到NCBI里面是不是就不需要测序了?后续还需不需要功能验证?顺便问一下你知道上传的步骤吗?毕竟我的序列都是比对过的,覆盖度很高。问题有点多。。。希望不要嫌烦。。。
阿弥陀佛
3楼2016-07-13 10:04:35
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 帅气的新锅锅 at 2016-07-13 10:04:35
您说的PCR产物是普通pcr的产物是吧,是不是尽量扩全长?我如果把我那一段目的序列上传到NCBI里面是不是就不需要测序了?后续还需不需要功能验证?顺便问一下你知道上传的步骤吗?毕竟我的序列都是比对过的,覆盖度 ...

是要尽量扩全长,高通量测序结果一般都是提交原始测序数据,拼接后得到的我不清楚能否单独提交,单独序列提交建议还是自己PCR后测序。如果你要研究基因功能肯定是要功能验证的。关于序列提交,可以先看我以前在小木虫发过的一个用bankit提交序列的帖子。

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4楼2016-07-13 14:14:20
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