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天空的蓝铜虫 (小有名气)
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全基因组序列比对
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请问各位大神，1.5万kb长的序列在blast里怎么比对？ 发自小木虫Android客户端 |
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8楼2016-07-08 15:39:44
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
天空的蓝: 金币+3, 很有用 2016-07-08 15:40:10
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
天空的蓝: 金币+3, 很有用 2016-07-08 15:40:10
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15 M 的序列做blast的目的何在？ blast 的用途无非这么几种，1）查看来源和大致位置；2）计算序列的相似程度(比较适用于小片段，太大了结果也没法看，而且慢！) 如果是目的一，只需要选取两端部分序列(1kb以下，多了也没有用)在线去做就好；如果是目的二，建议使用多条序列比对的方式，用DNAMAN、SnapGene、MEGA之类的软件以目标序列和参考序列做本地比对，blast本地比对也可以，需要将参考序列做成index(formatdb)，然后做比对，在线比的意义不大。 看你研究目的了。 发自小木虫Android客户端 |
4楼2016-07-08 09:42:16