24小时热门版块排行榜    

查看: 1682  |  回复: 5

chenjingzhi

金虫 (小有名气)

[交流] 如何使用自建力场进行模拟

我想使用一写论文上的力场来进行模拟,这些力场和gromacs兼容的力场都有所不同,能否使用gromacs来做这方面的工作?我尝试去阅读gromacs包的代码,希望对力场代码的修改实现这样的功能,但是牵一发而动全身,很难通过阅读部分代码而完全掌握整个代码的结构以及各个参数的作用。有没有人知道怎么来处理?

如何使用自建力场进行模拟
Screenshot from 2016-06-29 14:33:37.png


如何使用自建力场进行模拟-1
Screenshot from 2016-06-29 14:34:00.png


如何使用自建力场进行模拟-2
Screenshot from 2016-06-29 14:34:13.png


如何使用自建力场进行模拟-3
Screenshot from 2016-06-29 14:34:27.png


如何使用自建力场进行模拟-4
Screenshot from 2016-06-29 14:35:05.png
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chenjingzhi: 金币+5 2016-06-29 22:02:52
你可以使用gmx的table来做
2楼2016-06-29 21:01:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenjingzhi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2016-06-29 21:01:29
你可以使用gmx的table来做

谢谢答复,你说的table是不是就是指把势函数进行展开?可以说得详细点吗?谢谢
3楼2016-06-29 21:55:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chenjingzhi: 金币+5 2016-06-30 19:53:37
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenjingzhi at 2016-06-29 21:55:38
谢谢答复,你说的table是不是就是指把势函数进行展开?可以说得详细点吗?谢谢...

http://jerkwin.github.io/GMX/GMXman-6/#section-14
4楼2016-06-29 22:06:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenjingzhi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2016-06-29 22:06:00
http://jerkwin.github.io/GMX/GMXman-6/#section-14...

再问一下,用table是不是一般都是类似于LJ势的势函数才行,对于一些复杂一些的势函数似乎很难处理
5楼2016-06-30 16:13:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by chenjingzhi at 2016-06-30 16:13:15
再问一下,用table是不是一般都是类似于LJ势的势函数才行,对于一些复杂一些的势函数似乎很难处理...

自己写table就是了, 再复杂都没问题
6楼2016-06-30 20:36:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chenjingzhi 的主题更新
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 10/500 2026-11-15 00:39 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-15 00:35 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 15:58 by KXypaGgBBlw7
[论文投稿] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 6/300 2026-11-14 08:59 by dHydBGAkDh6v
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 9/450 2026-11-13 11:02 by Equinoxhua
[考博] 27博士申请 +5 白白白ly 2026-11-09 5/250 2026-11-13 05:01 by wlf1982
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 6/300 2026-11-12 12:42 by ECLTXnJnRSXf
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:26 by ECLTXnJnRSXf
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:20 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:14 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +8 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:32 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:24 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 3/150 2026-11-12 07:53 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 07:09 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:00 by 9fOTqj074tIg
信息提示
请填处理意见