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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何使用自建力场进行模拟
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)

[交流] 如何使用自建力场进行模拟

我想使用一写论文上的力场来进行模拟，这些力场和gromacs兼容的力场都有所不同，能否使用gromacs来做这方面的工作？我尝试去阅读gromacs包的代码，希望对力场代码的修改实现这样的功能，但是牵一发而动全身，很难通过阅读部分代码而完全掌握整个代码的结构以及各个参数的作用。有没有人知道怎么来处理？

如何使用自建力场进行模拟
Screenshot from 2016-06-29 14:33:37.png


如何使用自建力场进行模拟-1
Screenshot from 2016-06-29 14:34:00.png


如何使用自建力场进行模拟-2
Screenshot from 2016-06-29 14:34:13.png


如何使用自建力场进行模拟-3
Screenshot from 2016-06-29 14:34:27.png


如何使用自建力场进行模拟-4
Screenshot from 2016-06-29 14:35:05.png
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1楼 2016-06-29 20:41:46
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chenjingzhi: 金币+5 2016-06-29 22:02:52
你可以使用gmx的table来做
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2楼2016-06-29 21:01:29
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2016-06-29 21:01:29
你可以使用gmx的table来做

谢谢答复，你说的table是不是就是指把势函数进行展开？可以说得详细点吗？谢谢
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3楼2016-06-29 21:55:38
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chenjingzhi: 金币+5 2016-06-30 19:53:37
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenjingzhi at 2016-06-29 21:55:38
谢谢答复，你说的table是不是就是指把势函数进行展开？可以说得详细点吗？谢谢...

http://jerkwin.github.io/GMX/GMXman-6/#section-14
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4楼2016-06-29 22:06:00
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2016-06-29 22:06:00
http://jerkwin.github.io/GMX/GMXman-6/#section-14...

再问一下，用table是不是一般都是类似于LJ势的势函数才行，对于一些复杂一些的势函数似乎很难处理
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5楼2016-06-30 16:13:15
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by chenjingzhi at 2016-06-30 16:13:15
再问一下，用table是不是一般都是类似于LJ势的势函数才行，对于一些复杂一些的势函数似乎很难处理...

自己写table就是了, 再复杂都没问题
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6楼2016-06-30 20:36:25
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