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kxmytmy

银虫 (正式写手)


[求助] 启动子作用元件分析已有3人参与

各位大神,求助,启动子结合元件分析的网站有哪些可以用啊?
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如是说

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by kxmytmy at 2016-06-30 18:56:38
想预测可能的结合元件,...

Matinspector得用学校邮箱注册,大概有一个月的试用期,不怎么方便。
最近新发现一个,http://jaspar.genereg.net/
你可以试试,操作起来比较方便。
先在quick rseach中输入你的转录因子,点击进入。打勾
在右边输入你的基因序列即可,一般往转录起始位点往上找3000个bp
最后点击scan 就可以了,只能帮你到这了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

13楼2016-06-30 21:44:29
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永远一片天

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-06-30 07:34:37
xn8008: 应助指数+1 2016-06-30 21:46:22
我最近也在做这块,但是我用的方法是先找到基因序列,然后参考基因组方向,向前推2000bp,没有找到预测网站,所有的都只是大概的一个范围,没有准确的,除非文献中已有人报道过。
2楼2016-06-26 17:47:49
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kxmytmy

银虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by 永远一片天 at 2016-06-26 17:47:49
我最近也在做这块,但是我用的方法是先找到基因序列,然后参考基因组方向,向前推2000bp,没有找到预测网站,所有的都只是大概的一个范围,没有准确的,除非文献中已有人报道过。

我是想预测一下启动子结合的顺式作用元件有哪些,启动子的克隆是一样的方法
3楼2016-06-26 19:34:45
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永远一片天

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-06-30 07:35:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by kxmytmy at 2016-06-26 19:34:45
我是想预测一下启动子结合的顺式作用元件有哪些,启动子的克隆是一样的方法...

如果你预测的话,可以去UCSC看看,很多都推荐用那个网站,但是具体怎么用,我没摸索明白,不过你可以去看看。
4楼2016-06-27 10:14:01
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