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请教个问题：动力学模拟time step和number of steps 的关系 已有1人参与
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| 麻烦请教个问题：动力学模拟时设置time step=0.5fs number of steps=2000 则总模拟时间为1ps和设置time step=1fs number of steps=1000 则总模拟时间也为1ps，这两种设置有什么区别 哪个更精确呢,计算量哪个大一点，走的距离哪个远一点？谢谢！ |
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 分子动力学模拟 |
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【答案】应助回帖
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lisu555: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 好 谢谢 2016-06-22 08:56:56
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lisu555: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 好 谢谢 2016-06-22 08:56:56
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A) time step=0.5fs number of steps=2000 则总模拟时间为1ps B) time step=1fs number of steps=1000 则总模拟时间也为1ps 哪个精度高一些？ 一般来说设置A达到的精度高一些。 步长的设置主要依赖于体系的特征时间（频率）。 例如： 模拟argon（特征频率低），步长取到10fs都不会有什么问题； 模拟石墨烯（特征频率高），步长大于1fs就很危险了。 哪个计算量大？ 计算量基本与number of steps成正比， 故设置A需要两倍于设置B的计算时间。 哪个走的“距离”远一点？ 忽略计算误差的话，两个设置在物理上是等价的。 |
2楼2016-06-21 03:33:37
 本帖仅楼主可见 |
3楼2016-06-22 16:11:02
Ronny_chou
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如果你想让一个系统达到一个具有特定温度的状态，那必须控制温度，所以不能用NVE系综，而要用NVT系综。一旦系统得到充分的弛豫(平衡)，再换成NVE系综，一般来说系统会保持该特定温度(除了有些涨落)。如果你的模拟盒子大小一开始无法确定，可以用NPT系综根据设定的压强自动确定盒子大小。但如果一开始你就知道盒子大小应该是多少，可以直接用NVT系综。这些都是指平衡阶段。在产出阶段，系综的我选择也依赖于你的目的。如果你想计算某种系综下的平衡性质，还是要用特定系综。如果是计算输运系数之类，一般用NVE系综，虽然其它系综一般也能用。总之，系综的理论比较复杂，最好多看书，看文献，不可草率。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
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lisu5557楼2016-06-23 05:02:16
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9楼2016-06-23 21:30:09
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