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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » read_data使用后，in文件的编写
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胜利笑哈哈

新虫 (小有名气)

[求助] read_data使用后，in文件的编写已有1人参与

具体说明，在in文件中用create_atom命令在region中添加了一种类型的原子，比如create_atoms  1  region  tool，那在data中原子种类为1、 2 ，这样的话，怎么设置data中的原子和in文件中的原子之间的pair_style和pair_coeff，in文件中1类原子和data中的1类原子怎么区分
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1楼2016-06-15 07:27:16
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影子政

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
胜利笑哈哈: 金币+10, ★有帮助 2016-06-22 10:29:06
”在in文件中用create_atom命令在region中添加了一种类型的原子“
不是用create_atom命令吧，而是set region type ID。  

in文件中1类原子和data中的1类原子怎么区分?
data文件中就有type 这一项（1,2.....) 对应pair_coeff（比如  pair_coeff * * FeCrHe.eam  Fe Cr He) 中1对应Fe,2对应Cr等等。

我没有试过在read_data后，修改了某一region的原子类型是否会反应在data文件中。但是不管怎么改，pair_coeff后的参数与type 对应。
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if I rest,I rust!
2楼2016-06-15 10:53:44
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胜利笑哈哈

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 影子政 at 2016-06-15 10:53:44
”在in文件中用create_atom命令在region中添加了一种类型的原子“
不是用create_atom命令吧，而是set region type ID。  

in文件中1类原子和data中的1类原子怎么区分?
data文件中就有type 这一项（1,2.....) 对 ...

感谢您的回复，不过我说的意思是怎样将data中的原子种类和in文件中原子种类进行区分，比如说在in文件中开始在region中添加了1类原子（Cu），那么我再使用read_data命令所读取的data文件中，同样也有标识为1的原子种类，但这在data文件中表示的是H原子，这样的情况怎么出来？
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3楼2016-06-15 21:16:47
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影子政

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 胜利笑哈哈 at 2016-06-15 21:16:47
感谢您的回复，不过我说的意思是怎样将data中的原子种类和in文件中原子种类进行区分，比如说在in文件中开始在region中添加了1类原子（Cu），那么我再使用read_data命令所读取的data文件中，同样也有标识为1的原子种 ...

我不太懂你的意思。
用了region后，又用read_data， box区域不会覆盖吗？ 一般不都是先read_data，再用region修改data的相关性质吗。
”in文件中开始在region中添加了1类原子（Cu）“应该是划分好region后用 set region type ID   你用ID (=1)来表示Cu；

而“read_data命令所读取的data文件中，同样也有标识为1的原子种类，但这在data文件中表示的是H原子”  data文件也有标识为1的原子种类，你说是表示H原子的，这不和你的Cu冲突了吗？

不管是in文件还是data ，固定的type ID 只表示一种原子， 你在region中确定Cu为ID=1，那意味着 pair_coeff后原子种类第一个为Cu；（比如  pair_coeff * * CuH.eam  Cu H) 中1对应Cu,2对应H等等；而你的data文件也有标识为1 的原子，那这些原子的类型只能是Cu了。若想区别两者需用不同的type ID 并对应的修改 pair_coeff
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胜利笑哈哈
if I rest,I rust!
4楼2016-06-16 17:29:34
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胜利笑哈哈

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 影子政 at 2016-06-16 17:29:34
我不太懂你的意思。
用了region后，又用read_data， box区域不会覆盖吗？ 一般不都是先read_data，再用region修改data的相关性质吗。
”in文件中开始在region中添加了1类原子（Cu）“应该是划分好region后用 set ...

很感谢您这么细致的回复，对于“用了region后，又用read_data， box区域不会覆盖吗？ ”这个问题，我先用region然后用create_box，在使用read_data命令时，加上了add append的关键词，就不会覆盖。
我的问题就是您说的这个““read_data命令所读取的data文件中，同样也有标识为1的原子种类，但这在data文件中表示的是H原子”  data文件也有标识为1的原子种类，你说是表示H原子的，这不和你的Cu冲突了吗？”，就想问问这个冲突怎么解决？
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tina张
5楼2016-06-17 17:10:15
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影子政

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 胜利笑哈哈 at 2016-06-17 17:10:15
很感谢您这么细致的回复，对于“用了region后，又用read_data， box区域不会覆盖吗？ ”这个问题，我先用region然后用create_box，在使用read_data命令时，加上了add append的关键词，就不会覆盖。
我的问题就是您 ...

除了  改变H和Cu的原子类型（type)标识外 没法解决    data文件中type标识为1  那么你在region中给Cu设定的type为2   对应pair_coeff后参数
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6楼2016-06-20 11:04:26
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tina张

新虫 (小有名气)
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引用回帖:
5楼: Originally posted by 胜利笑哈哈 at 2016-06-17 17:10:15
很感谢您这么细致的回复，对于“用了region后，又用read_data， box区域不会覆盖吗？ ”这个问题，我先用region然后用create_box，在使用read_data命令时，加上了add append的关键词，就不会覆盖。
我的问题就是您 ...

您好！我最近也遇到这个问题，请问您是怎样解决的？
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不忘初心
7楼2016-11-07 21:57:48
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 影子政 at 2016-06-15 10:53:44
”在in文件中用create_atom命令在region中添加了一种类型的原子“
不是用create_atom命令吧，而是set region type ID。  

in文件中1类原子和data中的1类原子怎么区分?
data文件中就有type 这一项（1,2.....) 对 ...

你好 楼主 请问你有FeCrHe.eam 势函数吗？
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8楼2019-04-10 13:37:03
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