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汕头大学海洋科学接受调剂
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胜利笑哈哈

新虫 (小有名气)

[求助] read_data使用后,in文件的编写 已有1人参与

具体说明,在in文件中用create_atom命令在region中添加了一种类型的原子,比如create_atoms  1  region  tool,那在data中原子种类为1、 2 ,这样的话,怎么设置data中的原子和in文件中的原子之间的pair_style和pair_coeff,in文件中1类原子和data中的1类原子怎么区分
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影子政

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
胜利笑哈哈: 金币+10, 有帮助 2016-06-22 10:29:06
”在in文件中用create_atom命令在region中添加了一种类型的原子“
不是用create_atom命令吧,而是set region type ID。  

in文件中1类原子和data中的1类原子怎么区分?
data文件中就有type 这一项(1,2.....) 对应pair_coeff(比如  pair_coeff * * FeCrHe.eam  Fe Cr He) 中1对应Fe,2对应Cr等等。

我没有试过在read_data后,修改了某一region的原子类型是否会反应在data文件中。但是不管怎么改,pair_coeff后的参数与type 对应。
if I rest,I rust!
2楼2016-06-15 10:53:44
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胜利笑哈哈

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 影子政 at 2016-06-15 10:53:44
”在in文件中用create_atom命令在region中添加了一种类型的原子“
不是用create_atom命令吧,而是set region type ID。  

in文件中1类原子和data中的1类原子怎么区分?
data文件中就有type 这一项(1,2.....) 对 ...

感谢您的回复,不过我说的意思是怎样将data中的原子种类和in文件中原子种类进行区分,比如说在in文件中开始在region中添加了1类原子(Cu),那么我再使用read_data命令所读取的data文件中,同样也有标识为1的原子种类,但这在data文件中表示的是H原子,这样的情况怎么出来?
3楼2016-06-15 21:16:47
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影子政

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 胜利笑哈哈 at 2016-06-15 21:16:47
感谢您的回复,不过我说的意思是怎样将data中的原子种类和in文件中原子种类进行区分,比如说在in文件中开始在region中添加了1类原子(Cu),那么我再使用read_data命令所读取的data文件中,同样也有标识为1的原子种 ...

我不太懂你的意思。
用了region后,又用read_data, box区域不会覆盖吗? 一般不都是先read_data,再用region修改data的相关性质吗。
”in文件中开始在region中添加了1类原子(Cu)“应该是划分好region后用 set region type ID   你用ID (=1)来表示Cu;

而“read_data命令所读取的data文件中,同样也有标识为1的原子种类,但这在data文件中表示的是H原子”  data文件也有标识为1的原子种类,你说是表示H原子的,这不和你的Cu冲突了吗?

不管是in文件还是data ,固定的type ID 只表示一种原子, 你在region中确定Cu为ID=1,那意味着 pair_coeff后原子种类第一个为Cu;(比如  pair_coeff * * CuH.eam  Cu H) 中1对应Cu,2对应H等等;而你的data文件也有标识为1 的原子,那这些原子的类型只能是Cu了。若想区别两者需用不同的type ID 并对应的修改 pair_coeff

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if I rest,I rust!
4楼2016-06-16 17:29:34
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胜利笑哈哈

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 影子政 at 2016-06-16 17:29:34
我不太懂你的意思。
用了region后,又用read_data, box区域不会覆盖吗? 一般不都是先read_data,再用region修改data的相关性质吗。
”in文件中开始在region中添加了1类原子(Cu)“应该是划分好region后用 set ...

很感谢您这么细致的回复,对于“用了region后,又用read_data, box区域不会覆盖吗? ”这个问题,我先用region然后用create_box,在使用read_data命令时,加上了add append的关键词,就不会覆盖。
我的问题就是您说的这个““read_data命令所读取的data文件中,同样也有标识为1的原子种类,但这在data文件中表示的是H原子”  data文件也有标识为1的原子种类,你说是表示H原子的,这不和你的Cu冲突了吗?”,就想问问这个冲突怎么解决?

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2016-06-17 17:10:15
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影子政

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 胜利笑哈哈 at 2016-06-17 17:10:15
很感谢您这么细致的回复,对于“用了region后,又用read_data, box区域不会覆盖吗? ”这个问题,我先用region然后用create_box,在使用read_data命令时,加上了add append的关键词,就不会覆盖。
我的问题就是您 ...

除了  改变H和Cu的原子类型(type)标识外 没法解决    data文件中type标识为1  那么你在region中给Cu设定的type为2   对应pair_coeff后参数
if I rest,I rust!
6楼2016-06-20 11:04:26
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tina张

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 胜利笑哈哈 at 2016-06-17 17:10:15
很感谢您这么细致的回复,对于“用了region后,又用read_data, box区域不会覆盖吗? ”这个问题,我先用region然后用create_box,在使用read_data命令时,加上了add append的关键词,就不会覆盖。
我的问题就是您 ...

您好!我最近也遇到这个问题,请问您是怎样解决的?
不忘初心
7楼2016-11-07 21:57:48
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 影子政 at 2016-06-15 10:53:44
”在in文件中用create_atom命令在region中添加了一种类型的原子“
不是用create_atom命令吧,而是set region type ID。  

in文件中1类原子和data中的1类原子怎么区分?
data文件中就有type 这一项(1,2.....) 对 ...

你好 楼主 请问你有FeCrHe.eam 势函数吗?
8楼2019-04-10 13:37:03
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