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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组数据中pathway category的选取咨询，谢谢大家
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wangzhou79

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 转录组数据中pathway category的选取咨询，谢谢大家

大家好，最近做了转录组测序，找华大做的，现在在pathway条目选取中遇到了点问题，特来请教各位大牛。
在pathway的聚类分析中，报告里给了显著性检测，p-value和q-value，其中p值是显著性检测，q值是假发现率，报告里的说明了指出，以q值小于等于0.05的为显著性聚类，可是这样一来，我的样品中，能够聚类的条目只有一两个，如果是只看p值的话，那还好点，不知道是否一定要以q值来选取聚类条目呢，那些q>0.05而p＜0.05的条目是否有参考价值，还需要对这些条目做哪些进一步分析，可以用来作为差异性的pathway来分析和写到文章里么？谢谢！
另外，请教一下大牛们，转录组分析是不是不能只看公司的报告，自己还能做哪些分析，得到一些更好的信息，谢谢大家！
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人若志趣不远，心不在焉，虽学无成！
1楼 2016-06-13 08:38:01
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行板如歌

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wangzhou79: 金币+5 2016-06-24 22:28:48
KEGG分析一般在文章里只占很少一部分，除非差异基因所富集的通路结果与你的目的结果有很强的相关性。关于筛选标准，一般还是按Q值。Q值可以反映差异基因在该通路的富集程度，Q值越低，表明差异基因在该通路上富集程度越显著。我有一篇文章是按Q<0.05, Q>0.05但P<0.05, P>0.05着三个标准把KEGG通路划分成三个类富集程度不同的大类来分析的，你可以参考下。
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7楼2016-06-18 21:58:45
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dhs222

新虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wangzhou79: 金币+5 2016-06-15 06:06:27
xn8008: 金币+1, 支持积极回帖，不过希望以后把您的建议写在帖子里，供大家学习，谢谢 2016-06-15 10:29:49
如果筛选出来的太少，就放宽条件，我也是做转录的，方便的话，留点信息，我加你

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4楼2016-06-14 23:30:17
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匿名
★
wangzhou79: 金币+1 2016-06-15 06:06:09
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2楼2016-06-13 09:06:41
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vjebejw570
★
wangzhou79: 金币+1 2016-06-15 06:06:16
祝福
3楼2016-06-13 12:26:00
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wangzhou79

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dhs222 at 2016-06-14 23:30:17
如果筛选出来的太少，就放宽条件，我也是做转录的，方便的话，留点信息，我加你

已私信。

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5楼2016-06-15 06:12:54
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bzzwx70
祝福
6楼2016-06-15 12:46:12
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ygidtu

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wangzhou79: 金币+3 2016-06-24 22:31:34
一般都不采用p的，不论pq，0.05都是一道坎，可以尝试放宽别的条件再做一次pathway富集

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8楼2016-06-18 22:31:18
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wangzhou79

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 行板如歌 at 2016-06-18 21:58:45
KEGG分析一般在文章里只占很少一部分，除非差异基因所富集的通路结果与你的目的结果有很强的相关性。关于筛选标准，一般还是按Q值。Q值可以反映差异基因在该通路的富集程度，Q值越低，表明差异基因在该通路上富集程 ...

能否把你的文章发给我学习一下，谢谢！或者告诉我文章标题，我来搜索下载，谢谢！
bio_nano@126.com

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人若志趣不远，心不在焉，虽学无成！
9楼2016-06-24 22:30:18
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wangzhou79

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by ygidtu at 2016-06-18 22:31:18
一般都不采用p的，不论pq，0.05都是一道坎，可以尝试放宽别的条件再做一次pathway富集

请问您说的别的条件，是指？能都介绍一下，谢谢！

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10楼2016-06-24 22:31:14
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