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wangzhou79铁杆木虫 (正式写手)
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[交流]
转录组数据中pathway category的选取咨询，谢谢大家
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大家好，最近做了转录组测序，找华大做的，现在在pathway条目选取中遇到了点问题，特来请教各位大牛。 在pathway的聚类分析中，报告里给了显著性检测，p-value和q-value，其中p值是显著性检测，q值是假发现率，报告里的说明了指出，以q值小于等于0.05的为显著性聚类，可是这样一来，我的样品中，能够聚类的条目只有一两个，如果是只看p值的话，那还好点，不知道是否一定要以q值来选取聚类条目呢，那些q>0.05而p＜0.05的条目是否有参考价值，还需要对这些条目做哪些进一步分析，可以用来作为差异性的pathway来分析和写到文章里么？谢谢！ 另外，请教一下大牛们，转录组分析是不是不能只看公司的报告，自己还能做哪些分析，得到一些更好的信息，谢谢大家！ |
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7楼2016-06-18 21:58:45
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xn8008: 金币+1, 支持积极回帖，不过希望以后把您的建议写在帖子里，供大家学习，谢谢 2016-06-15 10:29:49
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如果筛选出来的太少，就放宽条件，我也是做转录的，方便的话，留点信息，我加你 发自小木虫Android客户端 |
4楼2016-06-14 23:30:17
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3楼2016-06-13 12:26:00
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ygidtu
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wangzhou79: 金币+3 2016-06-24 22:31:34
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wangzhou79: 金币+3 2016-06-24 22:31:34
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一般都不采用p的，不论pq，0.05都是一道坎，可以尝试放宽别的条件再做一次pathway富集 发自小木虫Android客户端 |
8楼2016-06-18 22:31:18
wangzhou79
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9楼2016-06-24 22:30:18
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10楼2016-06-24 22:31:14