| 查看: 3266 | 回复: 15 | ||||||
[交流]
用python来玩lammps【环境设置篇】【其实是小白求交流】
|
||||||
 在小小地纠结了两个晚上（其实完全不需要纠结），我成功设置了lammps动态库，可以从Python里面调用lammps写code了！python因为代码简单，是一个很活跃的语言，于是在phd第一年，修了一门计算物理，就是用Python教的。上完课之后，就一直很想学以致用啦。 其实也因为Python很火，lammps的doc里面已经写好了怎么交互使用。 但是介于我是linux小白，也还是纠结了很久。使用的是ubuntu14.04，bash shell 按照doc里面11.3 建一个共享的lammps的库 1.先去lammps里面的src文件夹 我的话是： cd Desktop cd lammps-14May16 cd src 当你在src文件夹里，你就可以使用make command了。 make foo mode=shlib 这里的foo就是你的机器类型了，我这里就是ubuntu 所以我输入的是： make ubuntu mode=shlib 上面的指令，会在你的文件夹里面，建一个liblammps_ubuntu.so file，和一个软连接 liblammps.so 2.设置环境变量 其实我现在还不是很清楚，环境变量是不是必须得设置。因为我第一天晚上设置好了，但是结果没有运行成功 第二天才做了步骤3，之后才成功了。 但是无论如何，环境变量的设置也是一个很常见的问题。 上面1里面提到了的liblammps_ubuntu.so 和在lammps／python下面找到的 lammp.py 文件都很关键。 我们希望python知道在哪里找到lammps的库（liblammps_ubuntu.so），所以要告诉他们一个寻找的位置 官方里面给的例子是这样的： 如果是用csh or tcsh shells,在 ~/.cshrc file里面加上下面两句话就好了。 setenv PYTHONPATH ${PYTHONPATH}:/home/sjplimp/lammps/python setenv LD_LIBRARY_PATH ${LD_LIBRARY_PATH}:/home/sjplimp/lammps/src 然后我的是bash shell，不知道是不是ubuntu就是这样子的 所以，实际上对应的是 .bashrc file 这个文件 你在命令行里面输入 ls -al 就能在里面找到这个文件的踪迹 vi .bashrc 是我知道唯一能进入这个文件的办法… 因为貌似特殊文件，一般时候没有显示 但是结果进去了之后，看不懂。。。所以就没敢在里面乱改。 后来找到添加环境变量的方法是 输入env 就能看到你所有的环境变量 然后输入 export PYTHONPATH=$PYTHONPATH :/home/Desktop/lammps-14May16/python export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH :/home/Desktop/lammps-14May16/src 这个时候你再输入env 就能发现添加了这几个环境变量 然后别忘了输入 source ～/. bashrc 让你的环境变量生效。 （写到这里的我，已经无法坚持写下去了…） 突然发现设置的环境变量现在又不见了！ 看来上面的方法不是永久有效的 还是得改文本么！！！ 3.但是介于上面的发现， 说明其实不设置环境变量也没关系 有另外一个方法！ 直接去跑install.py 就好了！ 跑到lammps下面的python文件夹 python install.py 跑完没报错的话 直接测试 from lammps import lammps lmp=lammps() 就输出了你的lammps版本 LAMMPS（14 May 2016） If you use the python/install.py script, you need to invoke it every time you rebuild LAMMPS (as a shared library) or make changes to the python/lammps.py file. 注意的是，这样的话，每次重新建lammps？（什么叫rebuild lammps啊）， 你就要重新运行一遍。 这样也没关系啊，只要能跑就好了！ 我只有这么个最低要求。 写完才发现，我真的是小白求交流。理解了环境变量是干嘛用的，觉得还蛮神奇的～ 继续奋斗，希望能之后继续写，怎样在python里面玩lammps～ 共勉＠求讨论求指教 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子动力学模拟 | MS & VASP | 学习 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
布莱恩格林» 猜你喜欢
297，工科调剂?
已经有4人回复
-
恳请有学校收留
已经有7人回复
-
291求调剂
已经有9人回复
-
300求调剂
已经有11人回复
-
22专硕求调剂
已经有12人回复
-
材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组
已经有25人回复
-
急需调剂
已经有7人回复
-
求调剂
已经有10人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有16人回复
-
304求调剂
已经有5人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
物理学调剂
+1/89
-
物理学0702 调剂
+1/87
-
湖北大学材料学院 矿物与固废资源化利用环境能源新材料研究团队 第二轮调剂 少量名额
+1/86
-
安徽医科大学细胞生物学专业接收二轮调剂学硕研究生多名
+1/37
-
山东航空学院安全工程专业085702第三轮接收研究生调剂，欢迎咨询
+1/35
-
上海工作，94年的博士
+1/34
-
广东石油化工学院生物与医药专硕仍有部分调剂名额，欢迎农，工，理和医学的同学调剂。
+1/9
-
中南林院士团队 招 生物质能源与材料 博士生
+1/9
-
天津理工大学（晶体材料全国重点实验室）杰青团队招收2026年博士研究生
+1/9
-
河南农业大学理学院樊良鑫课题组招收化学专业硕士调剂生（过国家线即可）
+1/8
-
中国科学技术大学苏州高等研究院凤建岗课题组诚招博士后
+1/8
-
重庆三峡科技大学电磁场与微波技术专业接收调剂，考数二可调，系统4月13日开放
+1/8
-
2026年华南师范大学光电科学与工程学院魏嵬课题组招收硕士调剂生化学专业
+1/8
-
中国药科大学陈达威课题组诚聘博士后
+1/7
-
材料与化工专业还有大量指标，欢迎大家调剂，调剂系统已经开放
+1/7
-
深圳理工大学研究助理教授招聘-先进拉曼技术课题组
+1/6
-
文献求助
+1/5
-
Advanced Synthesis & Catalysis 决定是否送审一般多久？
+1/3
-
西安工程大学环境与化学工程学院学硕调剂（专硕可调学硕）
+1/3
-
武汉工程大学化学与环境工程学院招收调剂学生
+1/1
13楼2016-06-19 00:57:59
14楼2018-06-27 11:32:10
15楼2019-07-06 11:38:56
![](\"https://muchongimg.xmcimg.com/data/emuch_bbs_images/smilies/hand.gif\")
16楼2019-07-18 20:56:06
简单回复
2016-06-10 19:59
回复
旎筱(金币+1): 谢谢参与
2016-06-10 20:04
回复
旎筱(金币+1): 谢谢参与
2016-06-10 20:16
回复
旎筱(金币+1): 谢谢参与
2016-06-10 20:18
回复
旎筱(金币+1): 谢谢参与
2016-06-10 20:19
回复
旎筱(金币+1): 谢谢参与
ZloveA7楼
2016-06-10 21:28
回复
旎筱(金币+1): 谢谢参与
祝福
2016-06-10 21:44
回复
旎筱(金币+1): 谢谢参与
博雅未名81289楼
2016-06-10 21:45
回复
旎筱(金币+1): 谢谢参与
祝福
Anita_123410楼
2016-06-10 21:49
回复
旎筱(金币+1): 谢谢参与
yangdw12345711楼
2016-06-10 21:57
回复
旎筱(金币+1): 谢谢参与
psylhh12楼
2016-06-10 22:05
回复
