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[交流]
用python来玩lammps【环境设置篇】【其实是小白求交流】
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![]() 在小小地纠结了两个晚上(其实完全不需要纠结),我成功设置了lammps动态库,可以从Python里面调用lammps写code了!python因为代码简单,是一个很活跃的语言,于是在phd第一年,修了一门计算物理,就是用Python教的。上完课之后,就一直很想学以致用啦。 其实也因为Python很火,lammps的doc里面已经写好了怎么交互使用。 但是介于我是linux小白,也还是纠结了很久。使用的是ubuntu14.04,bash shell 按照doc里面11.3 建一个共享的lammps的库 1.先去lammps里面的src文件夹 我的话是: cd Desktop cd lammps-14May16 cd src 当你在src文件夹里,你就可以使用make command了。 make foo mode=shlib 这里的foo就是你的机器类型了,我这里就是ubuntu 所以我输入的是: make ubuntu mode=shlib 上面的指令,会在你的文件夹里面,建一个liblammps_ubuntu.so file,和一个软连接 liblammps.so 2.设置环境变量 其实我现在还不是很清楚,环境变量是不是必须得设置。因为我第一天晚上设置好了,但是结果没有运行成功 第二天才做了步骤3,之后才成功了。 但是无论如何,环境变量的设置也是一个很常见的问题。 上面1里面提到了的liblammps_ubuntu.so 和在lammps/python下面找到的 lammp.py 文件都很关键。 我们希望python知道在哪里找到lammps的库(liblammps_ubuntu.so),所以要告诉他们一个寻找的位置 官方里面给的例子是这样的: 如果是用csh or tcsh shells,在 ~/.cshrc file里面加上下面两句话就好了。 setenv PYTHONPATH ${PYTHONPATH}:/home/sjplimp/lammps/python setenv LD_LIBRARY_PATH ${LD_LIBRARY_PATH}:/home/sjplimp/lammps/src 然后我的是bash shell,不知道是不是ubuntu就是这样子的 所以,实际上对应的是 .bashrc file 这个文件 你在命令行里面输入 ls -al 就能在里面找到这个文件的踪迹 vi .bashrc 是我知道唯一能进入这个文件的办法… 因为貌似特殊文件,一般时候没有显示 但是结果进去了之后,看不懂。。。所以就没敢在里面乱改。 后来找到添加环境变量的方法是 输入env 就能看到你所有的环境变量 然后输入 export PYTHONPATH=$PYTHONPATH :/home/Desktop/lammps-14May16/python export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH :/home/Desktop/lammps-14May16/src 这个时候你再输入env 就能发现添加了这几个环境变量 然后别忘了输入 source ~/. bashrc 让你的环境变量生效。 (写到这里的我,已经无法坚持写下去了…) 突然发现设置的环境变量现在又不见了! 看来上面的方法不是永久有效的 还是得改文本么!!! 3.但是介于上面的发现, 说明其实不设置环境变量也没关系 有另外一个方法! 直接去跑install.py 就好了! 跑到lammps下面的python文件夹 python install.py 跑完没报错的话 直接测试 from lammps import lammps lmp=lammps() 就输出了你的lammps版本 LAMMPS(14 May 2016) If you use the python/install.py script, you need to invoke it every time you rebuild LAMMPS (as a shared library) or make changes to the python/lammps.py file. 注意的是,这样的话,每次重新建lammps?(什么叫rebuild lammps啊), 你就要重新运行一遍。 这样也没关系啊,只要能跑就好了! 我只有这么个最低要求。 写完才发现,我真的是小白求交流。理解了环境变量是干嘛用的,觉得还蛮神奇的~ 继续奋斗,希望能之后继续写,怎样在python里面玩lammps~ 共勉@求讨论求指教 |
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