| 查看: 3457 | 回复: 15 | ||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||
[交流]
用python来玩lammps【环境设置篇】【其实是小白求交流】
|
||||||
 在小小地纠结了两个晚上（其实完全不需要纠结），我成功设置了lammps动态库，可以从Python里面调用lammps写code了！python因为代码简单，是一个很活跃的语言，于是在phd第一年，修了一门计算物理，就是用Python教的。上完课之后，就一直很想学以致用啦。 其实也因为Python很火，lammps的doc里面已经写好了怎么交互使用。 但是介于我是linux小白，也还是纠结了很久。使用的是ubuntu14.04，bash shell 按照doc里面11.3 建一个共享的lammps的库 1.先去lammps里面的src文件夹 我的话是： cd Desktop cd lammps-14May16 cd src 当你在src文件夹里，你就可以使用make command了。 make foo mode=shlib 这里的foo就是你的机器类型了，我这里就是ubuntu 所以我输入的是： make ubuntu mode=shlib 上面的指令，会在你的文件夹里面，建一个liblammps_ubuntu.so file，和一个软连接 liblammps.so 2.设置环境变量 其实我现在还不是很清楚，环境变量是不是必须得设置。因为我第一天晚上设置好了，但是结果没有运行成功 第二天才做了步骤3，之后才成功了。 但是无论如何，环境变量的设置也是一个很常见的问题。 上面1里面提到了的liblammps_ubuntu.so 和在lammps／python下面找到的 lammp.py 文件都很关键。 我们希望python知道在哪里找到lammps的库（liblammps_ubuntu.so），所以要告诉他们一个寻找的位置 官方里面给的例子是这样的： 如果是用csh or tcsh shells,在 ~/.cshrc file里面加上下面两句话就好了。 setenv PYTHONPATH ${PYTHONPATH}:/home/sjplimp/lammps/python setenv LD_LIBRARY_PATH ${LD_LIBRARY_PATH}:/home/sjplimp/lammps/src 然后我的是bash shell，不知道是不是ubuntu就是这样子的 所以，实际上对应的是 .bashrc file 这个文件 你在命令行里面输入 ls -al 就能在里面找到这个文件的踪迹 vi .bashrc 是我知道唯一能进入这个文件的办法… 因为貌似特殊文件，一般时候没有显示 但是结果进去了之后，看不懂。。。所以就没敢在里面乱改。 后来找到添加环境变量的方法是 输入env 就能看到你所有的环境变量 然后输入 export PYTHONPATH=$PYTHONPATH :/home/Desktop/lammps-14May16/python export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH :/home/Desktop/lammps-14May16/src 这个时候你再输入env 就能发现添加了这几个环境变量 然后别忘了输入 source ～/. bashrc 让你的环境变量生效。 （写到这里的我，已经无法坚持写下去了…） 突然发现设置的环境变量现在又不见了！ 看来上面的方法不是永久有效的 还是得改文本么！！！ 3.但是介于上面的发现， 说明其实不设置环境变量也没关系 有另外一个方法！ 直接去跑install.py 就好了！ 跑到lammps下面的python文件夹 python install.py 跑完没报错的话 直接测试 from lammps import lammps lmp=lammps() 就输出了你的lammps版本 LAMMPS（14 May 2016） If you use the python/install.py script, you need to invoke it every time you rebuild LAMMPS (as a shared library) or make changes to the python/lammps.py file. 注意的是，这样的话，每次重新建lammps？（什么叫rebuild lammps啊）， 你就要重新运行一遍。 这样也没关系啊，只要能跑就好了！ 我只有这么个最低要求。 写完才发现，我真的是小白求交流。理解了环境变量是干嘛用的，觉得还蛮神奇的～ 继续奋斗，希望能之后继续写，怎样在python里面玩lammps～ 共勉＠求讨论求指教 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子动力学模拟 | MS & VASP | 学习 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
布莱恩格林» 猜你喜欢
梦想
已经有4人回复
-
中青基了要发朋友圈吗？
已经有6人回复
-
基金不中，共勉
已经有12人回复
-
能否申诉？
已经有7人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
面上意见出来了
已经有19人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有9人回复
-
为什么到现在没收到通知？
已经有5人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有8人回复
-
找导师
已经有7人回复
14楼2018-06-27 11:32:10
10