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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 热点前沿问题讨论 » 计算吸附H原子的吸附能
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luomin_zyj

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 计算吸附H原子的吸附能 已有2人参与

计算二维材料如MoS2氢原子的吸附能，用vasp计算，吸附面为Z方向，那么在X，y方向要不要加真空，还是要维持周期性条件？
超胞取多大合适，太大的话计算内存越大，就算不了了， 可不可以KPOINTS选1 1 1 ， 原子多一点（100-200）？
就大侠解惑，非常感谢
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1楼 2016-06-08 09:59:07
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-03 15:38:41
引用回帖:
10楼: Originally posted by luomin_zyj at 2016-06-14 14:45:48
收到，谢谢大侠...

2D系统，如果认为这个slab远大于一个分子，则可按照xy周期性进行近似。

如果是按照电化学过程考虑的话，析氢反应中，如果MoS2作为负极，H+到金属表面前可能就很可能被还原成H·了（Frank-Condon原理）。

超胞取多大，要看你打算研究的覆盖度是如何的，低覆盖度需要的超胞相对大。孤立原子的吸附（如Langmuir吸附），随着超胞增加只要吸附能收敛即可。k取多少取决于“收敛性测试”。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
11楼2016-06-15 01:40:25
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眼泪和花生

铁虫 (小有名气)
一般只设置一个方向的真空吧，spc先算个小的的试试呗，kp少了点，同新手

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为何在雨伞外独行
2楼2016-06-08 15:59:31
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luomin_zyj

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引用回帖:
2楼: Originally posted by 眼泪和花生 at 2016-06-08 15:59:31
一般只设置一个方向的真空吧，spc先算个小的的试试呗，kp少了点，同新手

那如果用小点的包，你在做结构弛豫时，是全部原子弛豫，还是就氢原子周围的几个原子弛豫呢？如果是吸附分子，分子的角度影响也很大，我看到JACS上有人用VASP做的纯计算，感觉胞大胞小对结果影响蛮大的，可能是KPOINTS选得太小，不知虫友一般选多大，我一般70个原子，做到5 5 1就算了，也可能是INCAR里设置有问题
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3楼2016-06-08 16:22:46
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眼泪和花生

铁虫 (小有名气)
一般都会固定靠下的那几层，靠近H的驰豫，你这样原子比较多我不是太了解，还是参考下文献吧。我的KP跟你一样

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为何在雨伞外独行
4楼2016-06-08 19:01:07
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luomin_zyj

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 眼泪和花生 at 2016-06-08 19:01:07
一般都会固定靠下的那几层，靠近H的驰豫，你这样原子比较多我不是太了解，还是参考下文献吧。我的KP跟你一样

谢谢虫友
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5楼2016-06-09 07:34:14
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沉默是金8138

铁杆木虫 (正式写手)

副研究员

【答案】应助回帖

首先 我认为你算的不是H原子吸附，应该是电化学中的H离子在MoS2吸附吧？
如果我猜的正确的话，你的POTCAR选择应该是有问题的。
至于你所说的其他超胞，Kpoints什么的就没有继续讨论的必要了
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Whilethereislife,thereishope!
6楼2016-06-13 10:02:32
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沉默是金8138

铁杆木虫 (正式写手)

副研究员

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
luomin_zyj: 金币+10, ★有帮助 2016-08-03 15:31:36
补充一下，Z方向吸附的话，XY没必要。
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Whilethereislife,thereishope!
7楼2016-06-13 10:03:34
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luomin_zyj

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引用回帖:
7楼: Originally posted by 沉默是金8138 at 2016-06-13 10:03:34
补充一下，Z方向吸附的话，XY没必要。

请教大侠：吸附氢原子，比如吸附了10个氢原子或11个氢原子，最后H原子与S原子成键了，你这里指的的“H离子在MoS2吸附”怎么理解，是否考虑要考虑电荷的电量？我不是特别理解，烦请赐教，谢谢了
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8楼2016-06-13 17:05:54
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沉默是金8138

铁杆木虫 (正式写手)

副研究员
引用回帖:
8楼: Originally posted by luomin_zyj at 2016-06-13 18:05:54
请教大侠：吸附氢原子，比如吸附了10个氢原子或11个氢原子，最后H原子与S原子成键了，你这里指的的“H离子在MoS2吸附”怎么理解，是否考虑要考虑电荷的电量？我不是特别理解，烦请赐教，谢谢了...

如果是氢原子的话，我建议你看这篇文献 Biomimetic Hydrogen Evolution:  MoS2 Nanoparticles as Catalyst for Hydrogen Evolution
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Whilethereislife,thereishope!
9楼2016-06-14 10:38:47
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luomin_zyj

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引用回帖:
9楼: Originally posted by 沉默是金8138 at 2016-06-14 10:38:47
如果是氢原子的话，我建议你看这篇文献 Biomimetic Hydrogen Evolution:  MoS2 Nanoparticles as Catalyst for Hydrogen Evolution...

收到，谢谢大侠
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10楼2016-06-14 14:45:48
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