24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

葬春1993

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1028
帖子: 52
在线: 77.2小时
虫号: 3270590

[交流] VASP计算矿物层状结构的尝试

本人研究白云母2：1层状结构，结构如下：

，效果图：http://muchongimg.xmcimg.com/data/b ... _1465266329_433.jpg
其中硅氧四面体中的硅有1/4被铝取代，使2：1层带负点，所以层间用阳离子平衡电荷。
在建立模型前，考虑到我的计算资源有限只能使用16个核，单胞有80多个原子，所以我采用原胞进行计算，结构如下：http://muchongimg.xmcimg.com/data/b ... _1465266457_935.jpg
建模时，由于有非等价的硅铝取代，即需要平衡电荷的引入，所以我考虑用slab模型进行尝试。
首先，需要建立无硅铝取代的结构模型，将层间阳离子去掉；
然后，进行cut-off和k-points收敛性测试，发现截断能在800eV才趋于稳定，这是为什么呢？
接着建立slab模型，我只取了一个2:1层状结构，扩成2x2x1的超胞（大概80多个原子），http://muchongimg.xmcimg.com/data/b ... _1465267498_920.jpg，考虑到c轴方向的非周期性，我人为的固定了底面的硅氧四面体层，只改变真空层厚度，进行测试，发现真空层厚度在25埃才趋稳，这样我的基础模型就建好了。
最后，就是进行铝取代硅，加入钾离子为电荷平衡离子，结构优化后个别键长比实际的白云母结构短0.05埃。
这样的模型可不可靠呢？周围没有人做这方面的，我也是新手，所以感觉很虚~~希望大家针对我建模的过程给出指导和不足！！谢谢！！

白云母.jpg

白云母 Image.jpg

原胞.jpg

slab模型.jpg

回复此楼

» 猜你喜欢

博士读完未来一定会好吗已经有30人回复
之前让一硕士生水了7个发明专利，现在这7个获批发明专利的维护费可从哪儿支出哈？已经有8人回复
博士申请都是内定的吗？已经有7人回复
读博已经有5人回复
投稿精细化工已经有4人回复
高职单位投计算机相关的北核或SCI四区期刊推荐，求支招！已经有4人回复
导师想让我从独立一作变成了共一第一已经有9人回复
心脉受损已经有5人回复
Springer期刊投稿求助已经有4人回复
小论文投稿已经有3人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:
查看全部散金贴

1楼2016-06-07 10:30:03

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

emilyoyang

木虫 (正式写手)

应助: 232 (大学生)
金币: 4340.4
帖子: 667
在线: 189.9小时
虫号: 1630291

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

30楼: Originally posted by 葬春1993 at 2016-06-12 10:51:24
谢谢你的回复！！我本来准备做体相掺杂，但是掺杂前的白云母结构中，原本就有一部分硅被铝取代，一个晶胞中总共四层16个硅，有四个被铝取代，每层有四个取代位，组合太多，所以白云母的基础模型很难建立，我是想只 ...

大概明白你的意思了。其实你现在问题的本质就是ordering，因为白云母是个disorder的structure。
关于disorder结构如何order 有很多算法（or package）可以帮你搞定。手动的排列组合是很不靠谱的一种做法。
你可以看一下这篇文章 https://jcheminf.springeropen.co ... 6/s13321-016-0129-3
这里面提到了目前关于disorder结构处理的所有方法。
另外，推荐你可以学习一下pymatgen(http://pymatgen.org/) 他可以很方便的处理disorder的结构（OrderDisorderedStructureTransformation， EnumerateStructureTransformation）