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[交流]
VASP计算矿物层状结构的尝试
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本人研究白云母2：1层状结构，结构如下： ，效果图：http://muchongimg.xmcimg.com/data/b ... _1465266329_433.jpg其中硅氧四面体中的硅有1/4被铝取代，使2：1层带负点，所以层间用阳离子平衡电荷。 在建立模型前，考虑到我的计算资源有限只能使用16个核，单胞有80多个原子，所以我采用原胞进行计算，结构如下：http://muchongimg.xmcimg.com/data/b ... _1465266457_935.jpg 建模时，由于有非等价的硅铝取代，即需要平衡电荷的引入，所以我考虑用slab模型进行尝试。 首先，需要建立无硅铝取代的结构模型，将层间阳离子去掉； 然后，进行cut-off和k-points收敛性测试，发现截断能在800eV才趋于稳定，这是为什么呢？ 接着建立slab模型，我只取了一个2:1层状结构，扩成2x2x1的超胞（大概80多个原子），http://muchongimg.xmcimg.com/data/b ... _1465267498_920.jpg，考虑到c轴方向的非周期性，我人为的固定了底面的硅氧四面体层，只改变真空层厚度，进行测试，发现真空层厚度在25埃才趋稳，这样我的基础模型就建好了。 最后，就是进行铝取代硅，加入钾离子为电荷平衡离子，结构优化后个别键长比实际的白云母结构短0.05埃。 这样的模型可不可靠呢？周围没有人做这方面的，我也是新手，所以感觉很虚~~希望大家针对我建模的过程给出指导和不足！！谢谢！！  白云母.jpg  白云母 Image.jpg  原胞.jpg  slab模型.jpg |
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27楼2016-06-10 22:36:28
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我是想做白云母的掺杂，所以想先建立和白云母的结构模型，因为我用的VASP，不能用占有率，所以我想先用铝掺杂来建立白云母模型，再做其他原子掺杂。不知道行不行？ 发自小木虫Android客户端 |
28楼2016-06-11 07:32:44
29楼2016-06-11 21:33:49
送红花一朵 |
谢谢你的回复！！我本来准备做体相掺杂，但是掺杂前的白云母结构中，原本就有一部分硅被铝取代，一个晶胞中总共四层16个硅，有四个被铝取代，每层有四个取代位，组合太多，所以白云母的基础模型很难建立，我是想只取晶胞中的一层，并做表面那层硅被铝取代，这样总共就只有4个硅原子，即使扩胞后也很少，同时，在硅铝取代后，结构电荷不平衡，考虑到原始白云母结构中层间有钾离子平衡电荷，所以我就想通过slab模型来做钾离子吸附，从而靠近原始白云母结构。这个slab模型被我当作理想的白云母结构来进行其他原子的取代掺杂！！我知道这样的模样感觉不伦不类，但是没有更好的办法了～～ 对于截断能测试，我是以原胞无硅铝取代去钾，共40个原子进行测试，测试结果是这样的： 400 -294.426485 450 -294.015464 500 -293.903562 550 -293.928305 600 -293.997559 650 -294.060051 700 -294.108222 750 -294.131795 800 -294.146404 850 -294.149370 900 -294.149391 到800后相差<0.01，所以选的800。 你看有没有问题！！ 发自小木虫Android客户端 |
30楼2016-06-12 10:51:24
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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大概明白你的意思了。其实你现在问题的本质就是ordering，因为白云母是个disorder的structure。 关于disorder结构如何order 有很多算法（or package）可以帮你搞定。手动的排列组合 是很不靠谱的一种做法。 你可以看一下这篇文章 https://jcheminf.springeropen.co ... 6/s13321-016-0129-3 这里面提到了 目前关于disorder结构处理的所有方法。 另外，推荐你可以学习一下pymatgen(http://pymatgen.org/) 他可以很方便的处理disorder的结构（OrderDisorderedStructureTransformation， EnumerateStructureTransformation） |
31楼2016-06-13 01:48:34
32楼2016-06-13 01:50:04
33楼2016-06-13 08:31:30
简单回复
ieem2楼
2016-06-07 10:48
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2016-06-07 10:52
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祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福祝福
tzynew4楼
2016-06-07 17:35
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寻找cock9楼
2016-06-07 19:07
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skyish10楼
2016-06-07 19:14
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挑战0111楼
2016-06-07 19:33
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BorjiginSMY12楼
2016-06-07 19:34
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nono200913楼
2016-06-09 16:38
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shwkfd14楼
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小蜗牛_15楼
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fdzjm17楼
2016-06-09 19:55
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shenrenren18楼
2016-06-09 22:04
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caledonian19楼
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Jameskelly20楼
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gorgan21楼
2016-06-10 09:39
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psylhh22楼
2016-06-10 21:58
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lvluohua26楼
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