24小时热门版块排行榜    

查看: 1237  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

黑曼小巴

新虫 (小有名气)

[求助] vmd使用 已有3人参与

有这样一个问题,比如我的体系比较大,原子比较多。但是md模拟之后想要选取这个大体系的一部分(比如坐标在某个范围的原子)再导出来,可以使用vmd或者其他软件操作吗?有没有知道这个的大神,求指教~
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-06-04 19:06:09
感谢回复,dump_modify确实可以,但是也是在模拟过程中使用的吧?因为我不确定想要的部分在哪,所以想在模拟结束后导出来想要的。...

那就write_data
重新读入,run一步,但是不进行积分,dump文件就可以了吧?
5楼2016-06-05 12:20:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用dump搭配dump_modify应该可以解决你的问题
http://lammps.sandia.gov/doc/dump_modify.html
2楼2016-06-03 22:23:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以用VMD里面的tcl语言选择一定范围内的分子
3楼2016-06-03 22:29:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑曼小巴

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-06-03 22:23:58
用dump搭配dump_modify应该可以解决你的问题
http://lammps.sandia.gov/doc/dump_modify.html

感谢回复,dump_modify确实可以,但是也是在模拟过程中使用的吧?因为我不确定想要的部分在哪,所以想在模拟结束后导出来想要的。
4楼2016-06-05 09:06:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 09:49 by G6APbkg8SA6w
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:38 by G6APbkg8SA6w
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 09:28 by G6APbkg8SA6w
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 09:17 by G6APbkg8SA6w
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 05:45 by gy1nBQXYQJqL
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +13 晴天加油 2026-08-26 14/700 2026-08-28 18:36 by huagongfeihu
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
请填处理意见