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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » vmd使用
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)

[求助] vmd使用 已有3人参与

有这样一个问题，比如我的体系比较大，原子比较多。但是md模拟之后想要选取这个大体系的一部分（比如坐标在某个范围的原子）再导出来，可以使用vmd或者其他软件操作吗？有没有知道这个的大神，求指教~
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1楼 2016-06-03 21:57:59
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用dump搭配dump_modify应该可以解决你的问题
http://lammps.sandia.gov/doc/dump_modify.html
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2楼2016-06-03 22:23:58
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G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以用VMD里面的tcl语言选择一定范围内的分子
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3楼2016-06-03 22:29:03
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-06-03 22:23:58
用dump搭配dump_modify应该可以解决你的问题
http://lammps.sandia.gov/doc/dump_modify.html

感谢回复，dump_modify确实可以，但是也是在模拟过程中使用的吧？因为我不确定想要的部分在哪，所以想在模拟结束后导出来想要的。
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4楼2016-06-05 09:06:09
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alundilong

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-06-04 19:06:09
感谢回复，dump_modify确实可以，但是也是在模拟过程中使用的吧？因为我不确定想要的部分在哪，所以想在模拟结束后导出来想要的。...

那就write_data
重新读入，run一步，但是不进行积分，dump文件就可以了吧？
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5楼2016-06-05 12:20:27
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
保存左边后，自己这个小程序就可以处理了。不用什么问题都依赖软件包。这种后续处理完全可以自己编程，想多灵活就多灵活。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2016-06-05 14:42:05
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

错字更正: 保存左边应该是保存坐标，自己这个应该是自己写个。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2016-06-05 14:43:27
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