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黑曼小巴

新虫 (小有名气)

[求助] vmd使用 已有3人参与

有这样一个问题,比如我的体系比较大,原子比较多。但是md模拟之后想要选取这个大体系的一部分(比如坐标在某个范围的原子)再导出来,可以使用vmd或者其他软件操作吗?有没有知道这个的大神,求指教~
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用dump搭配dump_modify应该可以解决你的问题
http://lammps.sandia.gov/doc/dump_modify.html
2楼2016-06-03 22:23:58
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G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以用VMD里面的tcl语言选择一定范围内的分子
3楼2016-06-03 22:29:03
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黑曼小巴

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-06-03 22:23:58
用dump搭配dump_modify应该可以解决你的问题
http://lammps.sandia.gov/doc/dump_modify.html

感谢回复,dump_modify确实可以,但是也是在模拟过程中使用的吧?因为我不确定想要的部分在哪,所以想在模拟结束后导出来想要的。
4楼2016-06-05 09:06:09
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alundilong

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-06-04 19:06:09
感谢回复,dump_modify确实可以,但是也是在模拟过程中使用的吧?因为我不确定想要的部分在哪,所以想在模拟结束后导出来想要的。...

那就write_data
重新读入,run一步,但是不进行积分,dump文件就可以了吧?
5楼2016-06-05 12:20:27
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
保存左边后,自己这个小程序就可以处理了。不用什么问题都依赖软件包。这种后续处理完全可以自己编程,想多灵活就多灵活。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2016-06-05 14:42:05
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

错字更正: 保存左边应该是保存坐标,自己这个应该是自己写个。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2016-06-05 14:43:27
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