24小时热门版块排行榜    

查看: 1207  |  回复: 6

黑曼小巴

新虫 (小有名气)

[求助] vmd使用 已有3人参与

有这样一个问题,比如我的体系比较大,原子比较多。但是md模拟之后想要选取这个大体系的一部分(比如坐标在某个范围的原子)再导出来,可以使用vmd或者其他软件操作吗?有没有知道这个的大神,求指教~
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用dump搭配dump_modify应该可以解决你的问题
http://lammps.sandia.gov/doc/dump_modify.html
2楼2016-06-03 22:23:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以用VMD里面的tcl语言选择一定范围内的分子
3楼2016-06-03 22:29:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑曼小巴

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-06-03 22:23:58
用dump搭配dump_modify应该可以解决你的问题
http://lammps.sandia.gov/doc/dump_modify.html

感谢回复,dump_modify确实可以,但是也是在模拟过程中使用的吧?因为我不确定想要的部分在哪,所以想在模拟结束后导出来想要的。
4楼2016-06-05 09:06:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 黑曼小巴 at 2016-06-04 19:06:09
感谢回复,dump_modify确实可以,但是也是在模拟过程中使用的吧?因为我不确定想要的部分在哪,所以想在模拟结束后导出来想要的。...

那就write_data
重新读入,run一步,但是不进行积分,dump文件就可以了吧?
5楼2016-06-05 12:20:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
保存左边后,自己这个小程序就可以处理了。不用什么问题都依赖软件包。这种后续处理完全可以自己编程,想多灵活就多灵活。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2016-06-05 14:42:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

错字更正: 保存左边应该是保存坐标,自己这个应该是自己写个。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2016-06-05 14:43:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 黑曼小巴 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +3 yang182083 2026-08-06 4/200 2026-08-07 11:07 by 虫友是什么虫
[基金申请] 基金中了 +11 laoda193707 2026-08-06 11/550 2026-08-07 10:54 by TT和NN
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 18/900 2026-08-07 10:13 by naalan7001
[基金申请] 听说今天filecode变了 +21 布布和一二 2026-08-06 44/2200 2026-08-07 10:11 by 布布和一二
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +4 archvillain 2026-08-06 8/400 2026-08-07 08:06 by 带你看大海
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备? 50+3 kf2781974 2026-07-31 12/600 2026-08-06 15:11 by eddyin
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[教师之家] 咨询面上基金 +4 李长云 2026-07-31 7/350 2026-08-06 11:20 by 李长云
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 面上再次挂了,太难了,躺也躺不了,倦也卷不过,小学校之殇! +22 低垂的野花 2026-07-31 30/1500 2026-08-05 18:03 by 低垂的野花
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[论文投稿] 十年后又回来了,论文投稿求助 +3 哈哈114477 2026-08-01 3/150 2026-08-04 15:40 by tegsgjy20
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 娱乐 +4 Tide man 2026-08-03 4/200 2026-08-04 11:51 by wgch518
[基金申请] 什么时候能放榜呀? +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
请填处理意见