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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 体液直接PCR产生引物二聚体，小老板拒绝承认是Primer dimer
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kungfu2016

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-05-25 23:30:49
最下面那些模糊的看着像二聚体

模糊带是加入显色剂效果

发自小木虫Android客户端
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11楼2016-05-27 07:41:12
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引物二聚体一般都不会大于100bp的。
除非你的引物特别长。
从图上看，那条深的条带明显大于100bp，应该不是引物二聚体。
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12楼2016-05-27 10:28:36
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txing

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以做一下验证
如果有那么强的引物二聚体，有可能引物加的太多了，降低引物用量，看看条带亮度会不会降低，还有提过退火温度，也有可能降低二聚体，都试试。

如果说非特异扩增，也可以提过退火温度去降低退火温度，PCR中加入甲酰胺，甘油，DMSO等都有助于降低非特异扩增。

自己再试试吧
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13楼2016-05-27 10:50:22
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ttt7788

新虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fanghaihong at 2016-05-27 06:45:30
直觉最下面的是二聚体，强的那条不像，应该是非特异扩增。

好吧   大家都说是非特异扩增   我只能去测序了  谢谢
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14楼2016-05-27 15:38:18
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ttt7788

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Ivy尘 at 2016-05-26 23:35:53
条带这么强，切胶测序最干脆啦

恩恩  那我就去测序试试了  谢谢
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15楼2016-05-27 15:40:36
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ttt7788

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Ivy尘 at 2016-05-26 23:35:53
条带这么强，切胶测序最干脆啦

恩   如果解决不了的话   我下一步就去测序了
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16楼2016-05-27 15:47:05
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ttt7788

新虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by xiadongliang at 2016-05-27 10:28:36
引物二聚体一般都不会大于100bp的。
除非你的引物特别长。
从图上看，那条深的条带明显大于100bp，应该不是引物二聚体。

我用的ladder是50bp的   所以下面的条带长度大概是70bp左右
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17楼2016-05-27 15:49:45
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ttt7788

新虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by txing at 2016-05-27 10:50:22
可以做一下验证
如果有那么强的引物二聚体，有可能引物加的太多了，降低引物用量，看看条带亮度会不会降低，还有提过退火温度，也有可能降低二聚体，都试试。

如果说非特异扩增，也可以提过退火温度去降低退火温 ...

我降低了引物的浓度   下面条带亮度降低了， 但是不会消失，如果继续降低浓度就影响我实验的灵敏度了。  至于annealing temperature， 我已经从53度调到64度了，下方条带依然存在。。。
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18楼2016-05-27 15:52:22
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ttt7788

新虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by kungfu2016 at 2016-05-27 07:41:12
模糊带是加入显色剂效果
...

小老板也说最下面的模糊条带是primer dimer
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19楼2016-05-27 15:54:24
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ttt7788

新虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by kungfu2016 at 2016-05-27 07:36:54
如果要论证，其一加做一组实验，模板采用切胶回收带，此外对照组不加模板，其它条件一致，根据条带结果分析。还纠结直接切胶测序

您说的切胶回收是指回收下面的条带吗？  然后呢？ 没太理解，能详细说明吗？  谢谢
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20楼2016-05-27 15:59:45
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