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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 做金属在氧原子环境下钝化模拟，NVT系综下加热，为什么氧原子一点都不动啊！！
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奉天大元帅

金虫 (小有名气)

[求助] 做金属在氧原子环境下钝化模拟，NVT系综下加热，为什么氧原子一点都不动啊！！ 已有2人参与

建模没什么问题，是在盒子中央区域建立了一个球形金属纳米颗粒，周围随机分布氧原子，并在NVT系综下由300K加热到400K，想看金属纳米颗粒的钝化过程。

每次计算后用VMD看结果都是金属原子一直在平衡位置做弛豫运动，这个可以理解，毕竟温度不高，但为什么周围的氧原子一动都不动呢？

势函数我也是参照论文选取的，究竟是哪里出了问题呢？？？？求大神们帮帮忙吧，稍后贴上in文件，为这事已经快一个礼拜没进展了。
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1楼 2016-05-24 18:30:08
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奉天大元帅

金虫 (小有名气)
# Al dunhua 20nm chiyu

echo                screen
units                metal
atom_style        charge
dimension        3
boundary        f f f

neighbor        2.0 bin
neigh_modify        every 10 delay 0 check yes

# create geometry
# create Feball

region                box block 0 800 0 800 0 800 units box
create_box        2 box

lattice                fcc 3.61
region                lvqiu sphere 400 400 400 10 units box
create_atoms        1 region lvqiu

region                lvqiuwai sphere 400 400 400 15 units box side out
region                yangqiu sphere 400 400 400 30 units box
region                yangqi intersect 2 yangqiu lvqiuwai

create_atoms        2 random 1000 591659 yangqi

group                yang region yangqi
group                Al region lvqiu

pair_style          hybrid/overlay coul/streitz 12.0 wolf 0.31 eam/alloy

pair_coeff           * * coul/streitz AlO.streitz Al O
pair_coeff           * * eam/alloy AlO.eam.alloy Al O


# compute

compute                        2 Al pe/atom

velocity                Al create 300.0 56944 dist gaussian
velocity        yang create 300.0 591037 dist gaussian

fix                        1 all nvt temp 300.0 300.0 0.1
#fix                1 all nve
fix        2 all wall/reflect xlo EDGE xhi EDGE ylo EDGE yhi EDGE zlo EDGE zhi EDGE

fix        3 all qeq/slater 1 12.0 1.0e-6 100 coul/streitz

# thermo

thermo                        1000
thermo_style                custom step temp etotal pe ke
thermo_modify                lost ignore flush yes
timestep                0.001

#dump                5 all cfg 1000 dump.h523.*.cfg mass type xs ys zs
dump                1 all atom 1000 h523.lammpstrj
dump                2 Al custom 1000 h523.*.dump c_2

run                50000
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2楼2016-05-24 18:31:25
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奉天大元帅

金虫 (小有名气)
这个in文件纯属是为了看 Al和O能不能反应写的一个小试验，结果表明，氧原子根本不动，一点都不像气体，Al原子的位移都比他大得多，O原子基本在原地不动，不会主动和Al原子接触反应，究竟是为什么呢？
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3楼2016-05-24 18:34:34
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奉天大元帅

金虫 (小有名气)
而且我用了 fix all nvt 300.0 400.0 0.1命令为什么算完后看log文件 发现除了第一步以外的每一步温度都是0呢？？？
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4楼2016-05-24 18:40:27
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by 奉天大元帅 at 2016-05-24 18:34:34
这个in文件纯属是为了看 Al和O能不能反应写的一个小试验，结果表明，氧原子根本不动，一点都不像气体，Al原子的位移都比他大得多，O原子基本在原地不动，不会主动和Al原子接触反应，究竟是为什么呢？

你先不要al，用这个势函数做一个纯o的，看看是不是势的问题？
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5楼2016-05-25 09:41:20
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qw8276617

银虫 (小有名气)
★ ★
奉天大元帅(abinitio代发): 金币+2, 感谢应助 2016-05-27 08:48:47
按我的理解没有O-Al之间以及O-O之间的lj势，O原子肯定是不会动的

发自小木虫IOS客户端
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6楼2016-05-26 00:37:50
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追梦2016

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
请问楼主，pair-coeff 为什么写了两个呢？删掉一个是什么结果呢？
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只要肯学，没有学不会的
7楼2016-05-26 15:02:16
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S201405010

新虫 (初入文坛)
你好，请教一下，我做有机分子的动力学模拟，观察X原子在有机分子周围的迁移情况，想得到X原子迁移位点图（大概每隔10个点取一个坐标），请问你有没有小的脚本程序
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8楼2016-05-26 17:02:16
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S201405010

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 奉天大元帅 at 2016-05-24 18:31:25
# Al dunhua 20nm chiyu

echo                screen
units                metal
atom_style        charge
dimension        3
boundary        f f f

neighbor        2.0 bin
neigh_modify        every 10 delay 0 check yes

# create geometry
# create Feball ...

你好，请教一下，我做有机分子的动力学模拟，观察X原子在有机分子周围的迁移情况，想得到X原子迁移位点图（大概每隔10个点取一个坐标），类似下面的图，请问你有没有小的脚本程序
做金属在氧原子环境下钝化模拟，NVT系综下加热，为什么氧原子一点都不动啊！！
图片2.png
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9楼2016-05-26 17:03:32
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