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用NAMD模拟蛋白构象变化，已得单体monomer的pdb，怎样构建二聚体dimer 已有1人参与
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各位虫友好！因为发表论文需要分子动力学模拟，所以最近在自学用namd软件模拟蛋白构象变化。 请问：“在已有蛋白单体pdb的情况下，怎样画出一个蛋白二聚体的初始构象？”并且要求“二聚体中两单体各非氢原子之间最短距离不小于10埃”。 尝试用过sybyl、vmd、chem3D等软件，摸索了许久，都没能画出。 如果有会的虫友，请帮忙解答一下用什么软件和什么方法能实现，非常感谢啦！！！ |
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【答案】应助回帖
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具体方法可以参照NAMD的举例 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/index-all.html#namd 其中的Membrane Proteins Tutorial就是你需要的。 |
4楼2016-07-16 21:13:06