| 查看: 1492 | 回复: 3 | ||
[求助]
用NAMD模拟蛋白构象变化，已得单体monomer的pdb，怎样构建二聚体dimer 已有1人参与
|
|
各位虫友好！因为发表论文需要分子动力学模拟，所以最近在自学用namd软件模拟蛋白构象变化。 请问：“在已有蛋白单体pdb的情况下，怎样画出一个蛋白二聚体的初始构象？”并且要求“二聚体中两单体各非氢原子之间最短距离不小于10埃”。 尝试用过sybyl、vmd、chem3D等软件，摸索了许久，都没能画出。 如果有会的虫友，请帮忙解答一下用什么软件和什么方法能实现，非常感谢啦！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
wbf3ng
金虫 (小有名气)
- 应助: 116 (高中生)
- 金币: 2086.3
- 红花: 8
- 帖子: 255
- 在线: 171.4小时
- 虫号: 3202097
- 注册: 2014-05-13
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2016-05-24 00:42:02
3楼2016-05-24 08:16:22
symsun
捐助贵宾 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1044.9
- 帖子: 227
- 在线: 23小时
- 虫号: 43691
- 注册: 2004-04-17
- 性别: GG
- 专业: 能量转移、电荷传递
【答案】应助回帖
|
具体方法可以参照NAMD的举例 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/index-all.html#namd 其中的Membrane Proteins Tutorial就是你需要的。 |
4楼2016-07-16 21:13:06
10