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pissor

木虫 (正式写手)

[求助] 付金币紧急求助:为什么菌落PCR是阳性,但酶切后为空载体大小?

    载体是原核表达载体pet28a,大小为5369bp,目的基因大小为750bp,二者用相同的两个内切酶酶切后,连接,转化大肠杆菌TOP 10,在长出菌落后,随机挑取做菌落PCR,可以扩出和目的基因一样大小的条带,选取可以扩出目的带的菌落(在做菌落PCR时已经做相应的划线培养),提取质粒后,做单酶切后竟然是是空载体的大小,当然了,双酶切也没有切出750bp大小的条带。
       请教大虾指点,这是什么原因?如何解决?
       谢谢您的帮助!

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游离在生存的边缘上,踯躅在科学的门外,溺死在知识的海洋中,转世在报恩的篱下。
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pissor

木虫 (正式写手)

只要虫友能分析出原因或者给出解决方法,均可获得金币!

若您提出的解决方法经过我的实验验证有效,您将获得最多的金币!

有效期至直至验证正确!
游离在生存的边缘上,踯躅在科学的门外,溺死在知识的海洋中,转世在报恩的篱下。
2楼2008-11-01 16:49:42
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lifei-fei

金虫 (著名写手)

伊丽莎白

恩,实验室的人也出现过这种情况,没有连上,只是形成假环,提质粒时就带上了,PCR可以检测出。要连的片段不是按照设计的酶切位点连上去的,是通过其它方式暂时连上去的,形成一种成为假环的东西,是不能酶切的!继续重新构建吧!祝你好运!
做有意义的事就是好好活着!
3楼2008-11-01 19:06:35
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chjw2010

铁杆木虫 (著名写手)

项目经理

不清楚,替你顶一下
新的一年!
4楼2008-11-01 19:31:07
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pissor

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by lifei-fei at 11/1/08  19:06:
恩,实验室的人也出现过这种情况,没有连上,只是形成假环,提质粒时就带上了,PCR可以检测出。要连的片段不是按照设计的酶切位点连上去的,是通过其它方式暂时连上去的,形成一种成为假环的东西,是不能酶切的! ...

继续从头做?没有其他的办法吗?你们实验室是怎么最终构建好表达载体的?靠次数、凭概率?
游离在生存的边缘上,踯躅在科学的门外,溺死在知识的海洋中,转世在报恩的篱下。
5楼2008-11-01 19:39:30
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shenye.judy

木虫 (正式写手)

连接载体与目的片段的比列可以调整下试试。
6楼2008-11-02 09:39:27
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pissor

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by shenye.judy at 11/2/08  09:39:
连接载体与目的片段的比列可以调整下试试。

空载体应该不能环化,不能环化,就不能行使功能,所以抗性培养板上应该长不出来,除非是没且没有切开的载体才可以吧。
游离在生存的边缘上,踯躅在科学的门外,溺死在知识的海洋中,转世在报恩的篱下。
7楼2008-11-02 14:02:54
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cdl007

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
pissor(金币+5,VIP+0):很有道理,十分感谢你!
呵呵,这个很多人都碰到过,原因就是连接转化时有一些DNA片段(750bp)沾在细菌表面随细菌一起培养,如果你做菌落pcr,模板是这些片段,所以你能P出来,
过夜摇菌培养后,你再做菌液pcr恐怕就P不出来了,因为这时候菌上的DNA片段摇落培养基里或者降解了。
而真正转进去的是没有连接好的,你提质粒啥的也是阴性结果了,
这个原因也是俺琢磨了好久才明白
这种假阳性很常见,所以一般菌落PCR不太妥当,至少要菌液摇摇再P出结果才有希望

呵呵,给金币哦?
8楼2008-11-02 16:09:29
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cdl007

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
pissor(金币+5,VIP+0):再次感谢你的热心帮助,“以儆效尤”!
总归是你没有连上,问题出在连接的步骤,小片段和质粒的比例要再调整,或者连接时间长一些,主要这是个几率问题,如果你不考虑连接率或转化率而只要转进去就行,那不妨放大体系,多涂些平板,总能有几个阳性克隆的。比如原来你做4块平皿,不如多做10几块,

[ Last edited by cdl007 on 2008-11-2 at 16:14 ]
9楼2008-11-02 16:13:51
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pissor

木虫 (正式写手)

我不暂做试验了,直接送去测序了。谢谢各位虫友的支持!“活动到此结束”,也谢谢版主!
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10楼2008-11-03 19:26:31
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