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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » (cooch3)2 优化结构 刚接触，不知道是结构式出错还是？？？
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byyd

金虫 (小有名气)

[求助] (cooch3)2 优化结构 刚接触，不知道是结构式出错还是？？？ 已有2人参与

%rwf=a1,40gb,a2,20gb
%nosave
%chk=test.chk
%mem=50GB
%nprocshared=12
# B3LYP/6-311+g(2d,p) opt=(MaxCycle=500)
       。。。。。。

radGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
NTrRot=    -1 NTRed=   124 NAtoms=    14 NSkip=    88 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /data2/G09/g09/l103.exe at Mon May 16 12:25:19 2016.
Job cpu time:  0 days  6 hours 17 minutes 55.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     37 Int=      0 D2E=      0 Chk=      5 Scr=      1(cooch3)2 优化结构  刚接触，不知道是结构式出错还是？？？
Y.png
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  • 附件 1 : cooch32.log
    • 2016-05-16 16:29:52, 2.74 M

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1楼 2016-05-16 16:32:57
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by byyd at 2016-05-16 19:28:31
能麻烦你给个正确的不？我问了下学化学的同学，他们说没错～～～
...

你的结构应该没错，如果这是HOOC-COOH与两个CH3OH脂化得到的话。
问题是你画的结构有问题，羧基中的OCO并不是直角，你用GV画一个羧基就知道了。
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4楼2016-05-17 12:34:23
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三石草祭

木虫 (正式写手)
建议先clean用力场初步优化结构

发自小木虫IOS客户端
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树的精神，水的品质
5楼2016-05-17 15:26:19
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普通回帖

zhou2009

版主 (著名写手)
看了你log文件分子输入坐标，完全不正确，原子定位不正确，两个CH3连到羰基O上了，不是你预想的结构。要重新拟定。
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2楼2016-05-16 17:57:56
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byyd

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-16 17:57:56
看了你log文件分子输入坐标，完全不正确，原子定位不正确，两个CH3连到羰基O上了，不是你预想的结构。要重新拟定。

能麻烦你给个正确的不？我问了下学化学的同学，他们说没错～～～

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-05-16 19:28:31
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试拟了一个输入，在此基础上进一步优化，供参考。

# opt b3lyp/6-311+g(2d,p)

(cooch3)2

0 1
C                 -3.22716001   -1.20431183   -0.22525487
C                 -2.11644172   -1.33237946    0.83375578
O                 -3.72487015   -2.37179296   -0.88417249
O                 -1.58276853   -2.61878021    1.15820307
O                 -3.69679060   -0.07227889   -0.51077035
O                 -1.67845861   -0.30499635    1.41360516
C                 -1.65885868   -3.46948922    0.01129224
H                 -0.82938075   -3.53310297   -0.66162652
H                 -2.51316808   -4.09781611   -0.13104806
H                 -1.21395256   -4.24996638    0.59250990
C                 -4.82445043   -2.90572526   -0.14205423
H                 -4.49758585   -3.16439608    0.84341467
H                 -5.60166539   -2.17300041   -0.07919557
H                 -5.19686291   -3.77929505   -0.63509049
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byyd
6楼2016-05-17 16:39:49
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byyd

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 三石草祭 at 2016-05-17 15:26:19
建议先clean用力场初步优化结构

刚接触，不知道怎么弄，我用重新画啦下图，我在试试看
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7楼2016-05-17 16:48:22
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byyd

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-16 17:57:56
看了你log文件分子输入坐标，完全不正确，原子定位不正确，两个CH3连到羰基O上了，不是你预想的结构。要重新拟定。

我从新做的图，对不
(cooch3)2 优化结构  刚接触，不知道是结构式出错还是？？？-1
}}K)J}@Z463R7R}M)8FTPR3.png
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8楼2016-05-17 16:57:55
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zhou2009

版主 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by byyd at 2016-05-17 16:57:55
我从新做的图，对不

}}K)J}@Z463R7R}M)8FTPR3.png
...

此结构合理，这是反式，我那个是顺式。
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9楼2016-05-17 18:11:39
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byyd

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-17 18:11:39
此结构合理，这是反式，我那个是顺式。...

按我新画的结构运行啦，结果出错，我在试试你的构型看看
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10楼2016-05-17 18:30:22
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