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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » (cooch3)2 优化结构 刚接触，不知道是结构式出错还是？？？
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byyd

金虫 (小有名气)

[求助] (cooch3)2 优化结构 刚接触，不知道是结构式出错还是？？？ 已有2人参与

%rwf=a1,40gb,a2,20gb
%nosave
%chk=test.chk
%mem=50GB
%nprocshared=12
# B3LYP/6-311+g(2d,p) opt=(MaxCycle=500)
       。。。。。。

radGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
NTrRot=    -1 NTRed=   124 NAtoms=    14 NSkip=    88 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /data2/G09/g09/l103.exe at Mon May 16 12:25:19 2016.
Job cpu time:  0 days  6 hours 17 minutes 55.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     37 Int=      0 D2E=      0 Chk=      5 Scr=      1(cooch3)2 优化结构  刚接触，不知道是结构式出错还是？？？
Y.png
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  • 附件 1 : cooch32.log
    • 2016-05-16 16:29:52, 2.74 M

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1楼 2016-05-16 16:32:57
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byyd

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-17 18:11:39
此结构合理，这是反式，我那个是顺式。...

按我新画的结构运行啦，结果出错，我在试试你的构型看看
赞一下 回复此楼
10楼2016-05-17 18:30:22
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查看全部 11 个回答

zhou2009

版主 (著名写手)
看了你log文件分子输入坐标，完全不正确，原子定位不正确，两个CH3连到羰基O上了，不是你预想的结构。要重新拟定。
赞一下 回复此楼
2楼2016-05-16 17:57:56
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byyd

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-05-16 17:57:56
看了你log文件分子输入坐标，完全不正确，原子定位不正确，两个CH3连到羰基O上了，不是你预想的结构。要重新拟定。

能麻烦你给个正确的不？我问了下学化学的同学，他们说没错～～～

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-05-16 19:28:31
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by byyd at 2016-05-16 19:28:31
能麻烦你给个正确的不？我问了下学化学的同学，他们说没错～～～
...

你的结构应该没错，如果这是HOOC-COOH与两个CH3OH脂化得到的话。
问题是你画的结构有问题，羧基中的OCO并不是直角，你用GV画一个羧基就知道了。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2016-05-17 12:34:23
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