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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » siesta运行出错exited on signal 11 (Segmentation fault)
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chengxiajie

新虫 (初入文坛)

[求助] siesta运行出错exited on signal 11 (Segmentation fault)

SystemName          hydroxyapatite
SystemLabel         hap

NumberOfAtoms       352
NumberOfSpecies     4

%block ChemicalSpeciesLabel
1    8     O
2    15    P
3    20    Ca
4    1     H
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisSize       DZP
PAO.EnergyShift     300 meV
PAO.SplitNorm       0.23

LatticeConstant     1 Ang
%block LatticeVectors
18.8480  0.000      0.000
  0.000  18.8480     0.000
  0.000   0.000     46.2861
%endblock LatticeVectors
%block kgrid_Monkhorst_Pack
  2   0   0   0.0
  0   2   0   0.0
  0   0   2   0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

XC.functional        GGA           # Exchange-correlation functional
XC.authors           PBE            # Exchange-correlation version
SpinPolarized        F
#WriteMullikenPop    3
MeshCutoff           250.0 Ry
MM.Grimme.S6         0.76
MM.Grimme.D          20.0

MaxSCFIterations    50

DM.NumberPulay       3
DM.Tolerance         1.d-4

SolutionMethod       diagon
#ElectronicTemperature  25 meV

MD.TypeOfRun         CG
MD.NumCGsteps        100
MD.MaxCGDispl         0.1  Ang
MD.MaxForceTol        0.04 eV/Ang
MD.VariableCell        T

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
11.367699975    0.484282000    0.696987232 1        1   O1  
  7.862918746    0.484282000    3.951755314 1        2   O2  
12.434021203    0.484282000    5.359600851 1        3   O3  
14.454058500    3.923782000    3.254768083 1        4   O4  
17.958839729    3.923782000   -0.000000000 1        5   O5  
14.454058500    6.394718000    3.254768083 1        6   O6  
17.958839729    6.394718000    0.000000000 1        7   O7  
11.367699975    2.955218000    0.696987232 1        8   O8  
  7.862918746    2.955218000    3.951755314 1        9   O9  
12.434021203    2.955218000    5.359600851 1        10  O10
13.575269974    1.719750000    0.573747231 1        11  O11
12.170149975    1.719750000    2.690817232 1        12  O12
12.148949974    1.719750000    1.145857232 1        13  O13
  6.652404776    1.719750000    2.101563614 1        14  O14
  9.188401177    1.719750000    2.259898229 2        15  P1  
  7.861026569    1.719750000    3.050737968 3        16  Ca1
11.436965174    1.719750000    7.333032552 1        17  O15
10.306088773    1.719750000    5.057627936 1        18  O16
11.654663380    1.719750000    5.811748198 2        19  P2  
14.137880778    1.719750000    3.988489499 3        20  Ca2
12.246488500    5.159250000    3.378008083 1        21  O17
13.651608500    5.159250000    1.260938083 1        22  O18
13.672808500    5.159250000    2.805898083 2        23  P3  
  7.069408501    5.159250000    4.044798083 3        24  Ca3
19.169353700    5.159250000    1.850191701 1        25  O19
16.633357298    5.159250000    1.691857085 1        26  O20
17.960731906    5.159250000    0.901017347 2        27  P4  
12.911353728    5.159250000    6.000279498 3        28  Ca4
15.266878500    0.008942700    0.615640849 1        29  O21
10.554879975    3.448442700    3.336114465 1        30  O22
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
这是我的输入文件 加了真空层的
每次提交任务后都会出现错误mpirun noticed that process rank 1 with PID 10294 on node node241 exited on signal 11 (Segmentation fault).
哪位可以指点一下谢谢了 新手刚开始学拜托拜托了
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1楼 2016-05-10 22:30:36
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572074028

铜虫 (小有名气)
我也要这个问题了。请问你如何解决的啊？
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2楼2017-01-13 11:14:08
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
问题可能在这（也有可能还有别的因素）
MM.Grimme.S6         0.76
MM.Grimme.D          20.0
采用Grimme修正的时候要给每个原子设置C6和R0，方便起见可以编译Util下面有个Grimme的工具，然后执行那个工具+输入文件，会自动产生原子的C6和R0，当然也可以手工输入，可以参考Grimme的原文献或者去MS程序去扒。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
3楼2017-01-13 13:22:14
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