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chengxiajie

新虫 (初入文坛)

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[求助] siesta运行出错exited on signal 11 (Segmentation fault)

SystemName       hydroxyapatite
SystemLabel       hap

NumberOfAtoms    352
NumberOfSpecies    4

%block ChemicalSpeciesLabel
1 8    O
2 15 P
3 20 Ca
4 1    H
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisSize    DZP
PAO.EnergyShift    300 meV
PAO.SplitNorm    0.23

LatticeConstant    1 Ang
%block LatticeVectors
18.8480  0.000    0.000
  0.000  18.8480    0.000
  0.000 0.000    46.2861
%endblock LatticeVectors
%block kgrid_Monkhorst_Pack
  2 0 0 0.0
  0 2 0 0.0
  0 0 2 0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

XC.functional       GGA          # Exchange-correlation functional
XC.authors          PBE          # Exchange-correlation version
SpinPolarized       F
#WriteMullikenPop 3
MeshCutoff          250.0 Ry
MM.Grimme.S6       0.76
MM.Grimme.D       20.0

MaxSCFIterations 50

DM.NumberPulay    3
DM.Tolerance       1.d-4

SolutionMethod    diagon
#ElectronicTemperature  25 meV

MD.TypeOfRun       CG
MD.NumCGsteps       100
MD.MaxCGDispl       0.1  Ang
MD.MaxForceTol       0.04 eV/Ang
MD.VariableCell       T

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
11.367699975 0.484282000 0.696987232 1 1 O1
  7.862918746 0.484282000 3.951755314 1 2 O2
12.434021203 0.484282000 5.359600851 1 3 O3
14.454058500 3.923782000 3.254768083 1 4 O4
17.958839729 3.923782000 -0.000000000 1 5 O5
14.454058500 6.394718000 3.254768083 1 6 O6
17.958839729 6.394718000 0.000000000 1 7 O7
11.367699975 2.955218000 0.696987232 1 8 O8
  7.862918746 2.955218000 3.951755314 1 9 O9
12.434021203 2.955218000 5.359600851 1 10  O10
13.575269974 1.719750000 0.573747231 1 11  O11
12.170149975 1.719750000 2.690817232 1 12  O12
12.148949974 1.719750000 1.145857232 1 13  O13
  6.652404776 1.719750000 2.101563614 1 14  O14
  9.188401177 1.719750000 2.259898229 2 15  P1
  7.861026569 1.719750000 3.050737968 3 16  Ca1
11.436965174 1.719750000 7.333032552 1 17  O15
10.306088773 1.719750000 5.057627936 1 18  O16
11.654663380 1.719750000 5.811748198 2 19  P2
14.137880778 1.719750000 3.988489499 3 20  Ca2
12.246488500 5.159250000 3.378008083 1 21  O17
13.651608500 5.159250000 1.260938083 1 22  O18
13.672808500 5.159250000 2.805898083 2 23  P3
  7.069408501 5.159250000 4.044798083 3 24  Ca3
19.169353700 5.159250000 1.850191701 1 25  O19
16.633357298 5.159250000 1.691857085 1 26  O20
17.960731906 5.159250000 0.901017347 2 27  P4
12.911353728 5.159250000 6.000279498 3 28  Ca4
15.266878500 0.008942700 0.615640849 1 29  O21
10.554879975 3.448442700 3.336114465 1 30  O22
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
这是我的输入文件加了真空层的
每次提交任务后都会出现错误mpirun noticed that process rank 1 with PID 10294 on node node241 exited on signal 11 (Segmentation fault).
哪位可以指点一下谢谢了新手刚开始学拜托拜托了

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1楼 2016-05-10 22:30:36

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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

专家经验: +224
1ST强帖: 2
应助: 47 (小学生)
金币: 3496.8
散金: 14
红花: 223
帖子: 2477
在线: 1254小时
虫号: 1369423
注册: 2011-08-16
性别: GG
专业: 金属材料的磨损与磨蚀
管辖: 第一性原理

问题可能在这（也有可能还有别的因素）
MM.Grimme.S6 0.76
MM.Grimme.D 20.0
采用Grimme修正的时候要给每个原子设置C6和R0，方便起见可以编译Util下面有个Grimme的工具，然后执行那个工具+输入文件，会自动产生原子的C6和R0，当然也可以手工输入，可以参考Grimme的原文献或者去MS程序去扒。

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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。

3楼2017-01-13 13:22:14

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572074028

铜虫 (小有名气)

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散金: 8
帖子: 156
在线: 931.9小时
虫号: 3004871
注册: 2014-02-28
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

我也要这个问题了。请问你如何解决的啊？

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2楼2017-01-13 11:14:08

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