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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于MS建模 已有1人参与

需要RDX、HMX、TATB的CIF文件，我可以怎么找到或者有没有朋友有现成的可以发我呢？我还有一个疑问就是我们在做分子动力学计算建模时只能根据CIF文件建模吗，有没有其他方法？
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1楼 2016-05-10 20:44:04
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回帖置顶 ( 共有2个 )

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-05-11 09:17:30
我是在MS里面直接画的，但是师兄说不准确，不能确定它的具体坐标...

首先你得明确，你要建立的模型是不是晶体，如果是晶体，那得找到文献发表的晶体数据来建模。
如果不是晶体，而是分子形式的，MS直接画即可，不存在坐标的准确性问题。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2016-05-11 09:35:42
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
li李晓晓: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-05-11 10:41:40
引用回帖:
5楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-05-11 10:02:43
我画的是晶胞，晶胞参数我是通过文献找来的（点群之类），然后我用MS画一个分子，直接通过Build-Crystals输入参数这么来得到晶胞，或者是画一个晶胞把分子复制进来，师兄说只能通过先画晶胞然后添加原子的形式，这 ...

构建晶体，你这样的做法肯定是错误的。
晶体的各种参数，都是有专门的数据库供查找的。
无机晶体，常用 ICSD数据库；有机晶体，常用CCDC数据库。
在这些数据库中，找到想要晶体的信息之后，有两种方式建模：
一种，直接导出cif文件，导入到MS中，检查导入无误，即可；
另一种，在MS中build crystal，手动输入空间群、6个晶格常数，再 add atoms 输入各原子坐标，即可完成。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
6楼2016-05-11 10:16:41
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普通回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这种分子结构，MS里面可以直接画的。
导入cif就能完成步骤的情况是少数，多数还是需要MS中的操作。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2016-05-10 21:42:23
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-05-10 21:42:23
这种分子结构，MS里面可以直接画的。
导入cif就能完成步骤的情况是少数，多数还是需要MS中的操作。

我是在MS里面直接画的，但是师兄说不准确，不能确定它的具体坐标
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3楼2016-05-11 09:17:30
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-05-11 09:35:42
首先你得明确，你要建立的模型是不是晶体，如果是晶体，那得找到文献发表的晶体数据来建模。
如果不是晶体，而是分子形式的，MS直接画即可，不存在坐标的准确性问题。...

我画的是晶胞，晶胞参数我是通过文献找来的（点群之类），然后我用MS画一个分子，直接通过Build-Crystals输入参数这么来得到晶胞，或者是画一个晶胞把分子复制进来，师兄说只能通过先画晶胞然后添加原子的形式，这样就得需要每个原子的具体坐标。
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5楼2016-05-11 10:02:43
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-05-11 10:16:41
构建晶体，你这样的做法肯定是错误的。
晶体的各种参数，都是有专门的数据库供查找的。
无机晶体，常用 ICSD数据库；有机晶体，常用CCDC数据库。
在这些数据库中，找到想要晶体的信息之后，有两种方式建模：
一 ...

谢谢你，看来我的起点就错了
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7楼2016-05-11 10:42:15
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众从人92

木虫 (正式写手)

博士研究生
请问活性炭模型怎么构建

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8楼2016-05-11 11:06:58
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wonderfulll

至尊木虫 (文坛精英)
同一种原子有两种空间位置，怎么输入，求解，MS只能一种原子对应输入一个坐标

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9楼2016-05-11 11:38:30
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wonderfulll

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-05-11 10:16:41
构建晶体，你这样的做法肯定是错误的。
晶体的各种参数，都是有专门的数据库供查找的。
无机晶体，常用 ICSD数据库；有机晶体，常用CCDC数据库。
在这些数据库中，找到想要晶体的信息之后，有两种方式建模：
一 ...

同一种原子有两种空间位置，怎么输入，求解，MS只能一种原子对应输入一个坐标

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10楼2016-05-11 11:39:21
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