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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » Pcr 结果测序
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)

[求助] Pcr 结果测序 已有3人参与

多个，pcr样品，拿到公司单向测序，现在想把序列进行校对，有一些位点，碱基不是很固定，一个位点出现两个碱基，比如前18样品该位点为t,后面几个样品就t和a都有，我比对了波峰，后几个样品，一个位点有两个波峰，软件默认读取其中一个，这种情况，怎么办？求指教！

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1楼 2016-05-07 19:01:46
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-05-12 08:13:05
笔尖上的躁动: 金币+20, ★有帮助 2016-05-13 07:55:10
可能是测序误差，也可能是杂合位点。如果是同一样品的多次测序，可能是测序误差；如果多条序列都是只有这个位点不一致，考虑是杂合。
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2楼2016-05-07 22:52:16
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)
感谢您的回复，我只进行了一次测序，因为样品比较多，这种情况还比较多，我用手动修改么？

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3楼2016-05-09 09:06:09
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sdjnyxn123

银虫 (小有名气)
一般是最前面十几个碱基和最后几个才这样吧

我做过的一般在中间都不会出现这种情况的

比较大的测序公司会把你前面不稳定的那几个删掉的，新公司一般都会给你留着，但是不会特意跟你说那几个是测不准的
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4楼2016-05-09 10:02:18
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tbsjxy

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你把峰图贴出来，准不准一看便知，讨论半天没什么用
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该用户由于违规已被禁言一辈子
5楼2016-05-09 11:26:43
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heianduck

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-05-12 08:13:43
如果不是序列的最前面或者最后面，基本考虑为杂合突变，至于软件默认读取一个的问题，你可以想象一下，如果读取两个，出来的序列文件是不好判定这两个是归属于一个位点两个突变还是只是单纯的两个碱基。所以肯定给出的结果只是一个碱基。
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6楼2016-05-11 11:36:44
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solomon7811

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by heianduck at 2016-05-11 11:36:44
如果不是序列的最前面或者最后面，基本考虑为杂合突变，至于软件默认读取一个的问题，你可以想象一下，如果读取两个，出来的序列文件是不好判定这两个是归属于一个位点两个突变还是只是单纯的两个碱基。所以肯定给出 ...

如果扩增的是单倍体生物呢？

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7楼2016-05-12 06:33:49
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heianduck

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-05-12 06:33:49
如果扩增的是单倍体生物呢？
...

那你的两个波峰值差别大不大？

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8楼2016-05-12 06:37:35
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-05-12 06:33:49
如果扩增的是单倍体生物呢？
...

把峰图贴上来
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9楼2016-05-12 09:50:36
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