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qPCR问题求教高手
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大神们好，本人在做qPCR遇到一个非常头疼的问题。我们想做在药物处理条件下某个抑癌基因的转录水平分析。 因为药物处理后该抑癌基因蛋白水平发生了变化。我们想知道是在蛋白水平调控还是在转录水平调控。但做qPCR时，实验组和对照组抑癌基因Ct值都大于37，此时GAPDH Ct值为18左右。 Ct值太大据说可以认为表达水平很低，请问我该怎么办。把模板量加大还有意义吗？是不是可以直接做转录后水平调控？或者大神们有没有更好的办法。 发自小木虫Android客户端 |
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atlanticwi
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个人认为Ct值大于37的比较没有意义，因为稍微出现1个Ct值的差异也基本是误差。 不确定这个GAPDH是否属于高表达性内参，如果是，选择低表达性内参，加大样品量，单个基因丰度扩大100倍基本等同于6.4个Ct值。但是各人非常怀疑这种做法是否具有有效性，因为从RNA提取到反转录的过程中，这种加大样品量的做法回旋余地很小。 我真正的看法是：在药物处理过程中，效应量都应该基本具有显著结果（个人看法），如果你已知某个药物确实影响某个基因的表达，但是该基因上下调的幅度只有1.5倍左右。那么可以反推，这个药物的处理也就没有那么显著（除非这个基因已被证明上下调1.5被就能有显著的表型出现），也其实说明这种研究基本没有价值（有点武断），所以你的实验来看，直接去做蛋白水平吧，需要补全结果的时候，扔张半定量的胶图都比定量要好。 个人意见，如有说错，欢迎指正 |
2楼2016-05-06 00:38:00
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你好，非常感谢。你的意思是需要补全数据时放一张半定量胶图。我对这个半定量可能不太理解。这半定量胶图是指用qPCR的产物跑个胶还是用普通PCR的产物跑胶啊。你的回答对我非常重要。 发自小木虫Android客户端 |
3楼2016-05-06 19:02:40
atlanticwi
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4楼2016-05-07 02:18:28
