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yym6

木虫 (正式写手)

[交流] 20金币求助解决AB类错误

本人是解晶体的新手,恳请高手帮忙解决以下错误,如有认为可以解决的高手请留下邮箱,我把数据发过去,非常感谢!


029_ALERT_3_A _diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......       0.80
211_ALERT_2_A ADP of Atom O1'     is NPD .....................          ?
369_ALERT_2_A Long   C(sp2)-C(sp2) Bond  C6     -   C7     ...       1.66 Ang.
#==============================================================================
213_ALERT_2_B Atom O1      has ADP max/min Ratio .............       4.50 prola
230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    O1     -   C36     ..      10.00 su
331_ALERT_2_B Small Average Phenyl C-C Dist.   C18    -C23           1.36 Ang.
411_ALERT_2_B Short Inter H...H Contact  H4     ..  H5      ..       1.97 Ang.
411_ALERT_2_B Short Inter H...H Contact  H14    ..  H28A    ..       2.03 Ang.
431_ALERT_2_B Short Inter HL..A Contact  Cl1    ..  S2      ..       3.21 Ang.
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yym6

木虫 (正式写手)

各位大虾,我在线急等啊,自己弄了很久了也不会弄,急切盼望有人帮忙啊
2楼2008-10-28 20:54:34
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

b错误中是不是有氢加的不对 好像HH距离太短了嘛~自己看看 我知道的也不多
3楼2008-10-28 21:29:48
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

估计数据太差, 没救了.
xi2004-emuch@163.com
4楼2008-10-28 23:01:42
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shenjian-2

铜虫 (小有名气)


211_ALERT_2_A ADP of Atom O1'     is NPD .....................          ?

O1'是无序的O吗?连O1‘都已经NPD了。
5楼2008-10-29 08:27:45
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yym6

木虫 (正式写手)

回答shenjian-2:O'是无序的,分子中有个呋喃环,整个呋喃环都是无序的。
第三个a类错误中碳碳键长限制过了可是不知道为什么限制不管用?b类错误中第三个是由于苯环的键长问题,可是也限制不管用,不知道是不是我对命令不熟悉,用的不对还是就是有限制不管用的时候?
除了这些错误之外,其他的数据都很好啊。还请大家来给我指点一下
6楼2008-10-29 20:37:24
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shenjian-2

铜虫 (小有名气)


试试加口令
simu 0.02 O1 O1'
delu 0.0-2 O1 O1'
不行就加口令
eadp O1 O1'

369_ALERT_2_A Long   C(sp2)-C(sp2) Bond  C6     -   C7     ...       1.66 Ang.
C6-C7的键长太长了。
也是无序的THF中的原子吗?固定一下键长试试。
7楼2008-10-29 23:27:35
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yym6

木虫 (正式写手)

simu 0.02 O1 O1'
delu 0.0-2 O1 O1'和
eadp O1 O1'我刚才试过了,可是还是不管用?C6-C7键长我是用命令
DFIX 1.54  0.02  C6 C7限制的,可是也不管用。不知道是什么原因?难道是所有的命令都不听我的话???
还是有什么注意事项我不会用?
聆听各位指教!
8楼2008-10-30 23:23:21
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pangz

金虫 (小有名气)

主要问题有三个:
1.晶体数据收集不全,晶体专业杂志不会收。
2.呋喃无序,需要尝试拆开,如果不能,不如对呋喃进行各向同性修正(O都非正定了,明显处理得不合适)
3.键过长有时也是无序造成的,需具体分析,不能太粗暴地限制。
9楼2008-10-31 09:01:02
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

昨晚基本帮你解决了.

411_ALERT_2_B Short Inter H...H Contact  H4     ..  H5      ..       1.97 Ang.
431_ALERT_2_B Short Inter HL..A Contact  Cl1    ..  S2      ..       3.21 Ang.

这两个还没有找到原因.
xi2004-emuch@163.com
10楼2008-10-31 11:37:09
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