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中势国度

新虫 (小有名气)

[求助] 进化树制作问题,希望大牛帮忙,感谢! 已有3人参与

细菌的16s在ncbi上blast得到99%的ident。可是当我在mage上做进化树时,却产生如图结果。YCWQP_5是我的16s。这是怎么回事?谢谢!

进化树制作问题,希望大牛帮忙,感谢!


进化树制作问题,希望大牛帮忙,感谢!-1


@biostar2009 @wizardfan 发自小木虫Android客户端
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看一下是不是序列方向问题,把序列反向互补后,用反向互补链再建一次树看看。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-04-29 15:19:48
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沉默的独角兽

金虫 (正式写手)

序列反向互补

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2016-04-29 16:34:59
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中势国度

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-29 15:19:48
看一下是不是序列方向问题,把序列反向互补后,用反向互补链再建一次树看看。

好的,非常感谢!

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4楼2016-04-29 21:12:49
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中势国度

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-04-29 16:34:59
序列反向互补

非常感谢

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5楼2016-04-29 21:13:13
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不觉得有什么不对的。
高相似性也可以有进化关系
比如所有人的DNA序列有99%的相似,但是可以很容易做出进化关系。
6楼2016-04-30 11:11:47
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中势国度

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2016-04-30 11:11:47
不觉得有什么不对的。
高相似性也可以有进化关系
比如所有人的DNA序列有99%的相似,但是可以很容易做出进化关系。

只是感觉进化关系应该没有这么远吧!

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7楼2016-05-01 07:12:09
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solomon7811

新虫 (小有名气)

序列建树必须先做比对(对齐),一般用CLUS TR AL W 然后根据比对获得的对齐文件进行建树。您先做对齐了么?

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8楼2016-05-01 11:27:23
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中势国度

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-05-01 11:27:23
序列建树必须先做比对(对齐),一般用CLUS TR AL W 然后根据比对获得的对齐文件进行建树。您先做对齐了么?

嗯,我做了对比。

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9楼2016-05-02 14:05:46
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 中势国度 at 2016-05-01 07:12:09
只是感觉进化关系应该没有这么远吧!
...

你没有给图例,看不出来进化距离

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

10楼2016-05-03 13:17:59
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