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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 进化树制作问题，希望大牛帮忙，感谢！
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中势国度

新虫 (小有名气)

[求助] 进化树制作问题，希望大牛帮忙，感谢！ 已有3人参与

细菌的16s在ncbi上blast得到99%的ident。可是当我在mage上做进化树时，却产生如图结果。YCWQP_5是我的16s。这是怎么回事？谢谢！

进化树制作问题，希望大牛帮忙，感谢！


进化树制作问题，希望大牛帮忙，感谢！-1


@biostar2009 @wizardfan 发自小木虫Android客户端
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1楼 2016-04-29 09:37:52
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 中势国度 at 2016-05-01 07:12:09
只是感觉进化关系应该没有这么远吧！
...

你没有给图例，看不出来进化距离
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中势国度
10楼2016-05-03 13:17:59
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

高兴看到问题已解决，不过一般NJ都是用来建guide tree的，maximum likelihood建的树比较准确，还有进化模型选的复杂些
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20楼2016-05-06 11:04:30
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看一下是不是序列方向问题，把序列反向互补后，用反向互补链再建一次树看看。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

中势国度
2楼2016-04-29 15:19:48
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普通回帖

沉默的独角兽

金虫 (正式写手)
序列反向互补

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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

中势国度
3楼2016-04-29 16:34:59
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中势国度

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-29 15:19:48
看一下是不是序列方向问题，把序列反向互补后，用反向互补链再建一次树看看。

好的，非常感谢！

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4楼2016-04-29 21:12:49
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中势国度

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-04-29 16:34:59
序列反向互补

非常感谢

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5楼2016-04-29 21:13:13
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不觉得有什么不对的。
高相似性也可以有进化关系
比如所有人的DNA序列有99%的相似，但是可以很容易做出进化关系。
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6楼2016-04-30 11:11:47
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中势国度

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2016-04-30 11:11:47
不觉得有什么不对的。
高相似性也可以有进化关系
比如所有人的DNA序列有99%的相似，但是可以很容易做出进化关系。

只是感觉进化关系应该没有这么远吧！

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7楼2016-05-01 07:12:09
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solomon7811

新虫 (小有名气)
序列建树必须先做比对(对齐)，一般用CLUS TR AL W 然后根据比对获得的对齐文件进行建树。您先做对齐了么？

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8楼2016-05-01 11:27:23
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中势国度

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-05-01 11:27:23
序列建树必须先做比对(对齐)，一般用CLUS TR AL W 然后根据比对获得的对齐文件进行建树。您先做对齐了么？

嗯，我做了对比。

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9楼2016-05-02 14:05:46
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