应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 进化树制作问题，希望大牛帮忙，感谢！
251/3返回列表123下一页
查看: 1715  |  回复: 24
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

中势国度

新虫 (小有名气)

[求助] 进化树制作问题，希望大牛帮忙，感谢！ 已有3人参与

细菌的16s在ncbi上blast得到99%的ident。可是当我在mage上做进化树时，却产生如图结果。YCWQP_5是我的16s。这是怎么回事？谢谢！

进化树制作问题，希望大牛帮忙，感谢！


进化树制作问题，希望大牛帮忙，感谢！-1


@biostar2009 @wizardfan 发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-04-29 09:37:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有2个 )

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 中势国度 at 2016-05-01 07:12:09
只是感觉进化关系应该没有这么远吧！
...

你没有给图例，看不出来进化距离
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

中势国度
10楼2016-05-03 13:17:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

高兴看到问题已解决，不过一般NJ都是用来建guide tree的，maximum likelihood建的树比较准确，还有进化模型选的复杂些
赞一下 回复此楼
20楼2016-05-06 11:04:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看一下是不是序列方向问题，把序列反向互补后，用反向互补链再建一次树看看。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

中势国度
2楼2016-04-29 15:19:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

沉默的独角兽

金虫 (正式写手)
序列反向互补

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

中势国度
3楼2016-04-29 16:34:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

中势国度

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-29 15:19:48
看一下是不是序列方向问题，把序列反向互补后，用反向互补链再建一次树看看。

好的，非常感谢！

发自小木虫Android客户端
回复此楼
4楼2016-04-29 21:12:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

中势国度

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 沉默的独角兽 at 2016-04-29 16:34:59
序列反向互补

非常感谢

发自小木虫Android客户端
回复此楼
5楼2016-04-29 21:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不觉得有什么不对的。
高相似性也可以有进化关系
比如所有人的DNA序列有99%的相似，但是可以很容易做出进化关系。
赞一下 回复此楼
6楼2016-04-30 11:11:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

中势国度

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2016-04-30 11:11:47
不觉得有什么不对的。
高相似性也可以有进化关系
比如所有人的DNA序列有99%的相似，但是可以很容易做出进化关系。

只是感觉进化关系应该没有这么远吧！

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2016-05-01 07:12:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

solomon7811

新虫 (小有名气)
序列建树必须先做比对(对齐)，一般用CLUS TR AL W 然后根据比对获得的对齐文件进行建树。您先做对齐了么？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2016-05-01 11:27:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

中势国度

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-05-01 11:27:23
序列建树必须先做比对(对齐)，一般用CLUS TR AL W 然后根据比对获得的对齐文件进行建树。您先做对齐了么？

嗯，我做了对比。

发自小木虫Android客户端
回复此楼
9楼2016-05-02 14:05:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 中势国度 的主题更新
251/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭