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10楼: Originally posted by wizardfan at 2016-05-03 13:17:59
你没有给图例，看不出来进化距离...

这是我做的整体的进化树图，YCWQP-4号菌是我的菌，它和Brevibacillus borstetensis AJ586382.1应该是同一种菌。但是Brevibacillus borstetensis AJ586382.1和Brevibacillus borstetensis strain NBRC 15714为啥隔这么远？它们是同一种属的，应该不会离这远吧！还有我的haoYCWQP-20号和Aneurinibacillus thermoaerophilus strain 在NCBI上为99%的ident 。还有YCWQP-5和Bacillus在NCBI上也为99%的ident。为啥它们都离这么遥远。0.5208 谢谢！

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11楼2016-05-03 18:38:27

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solomon7811

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建树的参数能发上来么？

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12楼2016-05-03 19:12:15

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蒲公英飞

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我也在做

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13楼2016-05-03 20:32:55

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12楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-05-03 19:12:15
建树的参数能发上来么？

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14楼2016-05-04 07:42:33

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wsp871117

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设个外群，比如古菌。因为你的都是细菌序列，如果这些类群亲缘关系近，系统发育关系是会比较难解，再就是，检查序列是否有问题，比如是否正反向错了，同一种的序列可以多下几条，因为ncbi上的序列良莠不齐，多几条可做筛选。最后矩阵比对后，要注意掐头去尾，手动排序，不然跑出来的树也不准确。

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15楼2016-05-04 08:06:08

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12楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-05-03 19:12:15
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今天做了反向互补序列，已经做到预期，谢谢

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16楼2016-05-04 08:17:45

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15楼: Originally posted by wsp871117 at 2016-05-04 08:06:08
设个外群，比如古菌。因为你的都是细菌序列，如果这些类群亲缘关系近，系统发育关系是会比较难解，再就是，检查序列是否有问题，比如是否正反向错了，同一种的序列可以多下几条，因为ncbi上的序列良莠不齐，多几条可 ...

嗯嗯，的确是反向互补的问题，谢谢！

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17楼2016-05-04 08:18:10

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