24小时热门版块排行榜    

查看: 1714  |  回复: 24

中势国度

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by wizardfan at 2016-05-03 13:17:59
你没有给图例,看不出来进化距离...

这是我做的整体的进化树图,YCWQP-4号菌是我的菌,它和Brevibacillus borstetensis AJ586382.1应该是同一种菌。但是Brevibacillus borstetensis AJ586382.1和Brevibacillus borstetensis strain NBRC 15714为啥隔这么远?它们是同一种属的,应该不会离这远吧!还有我的haoYCWQP-20号和Aneurinibacillus thermoaerophilus strain 在NCBI上为99%的ident 。还有YCWQP-5和Bacillus在NCBI上也为99%的ident。为啥它们都离这么遥远。0.5208 谢谢!
进化树制作问题,希望大牛帮忙,感谢!



发自小木虫Android客户端
11楼2016-05-03 18:38:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

solomon7811

新虫 (小有名气)

建树的参数能发上来么?

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

12楼2016-05-03 19:12:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蒲公英飞

新虫 (小有名气)

13楼2016-05-03 20:32:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

中势国度

新虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-05-03 19:12:15
建树的参数能发上来么?

建树的参数
进化树制作问题,希望大牛帮忙,感谢!-1



发自小木虫Android客户端
14楼2016-05-04 07:42:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wsp871117

新虫 (小有名气)

设个外群,比如古菌。因为你的都是细菌序列,如果这些类群亲缘关系近,系统发育关系是会比较难解,再就是,检查序列是否有问题,比如是否正反向错了,同一种的序列可以多下几条,因为ncbi上的序列良莠不齐,多几条可做筛选。最后矩阵比对后,要注意掐头去尾,手动排序,不然跑出来的树也不准确。

发自小木虫IOS客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

15楼2016-05-04 08:06:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

中势国度

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-05-03 19:12:15
建树的参数能发上来么?

今天做了反向互补序列,已经做到预期,谢谢

发自小木虫Android客户端
16楼2016-05-04 08:17:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

中势国度

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by wsp871117 at 2016-05-04 08:06:08
设个外群,比如古菌。因为你的都是细菌序列,如果这些类群亲缘关系近,系统发育关系是会比较难解,再就是,检查序列是否有问题,比如是否正反向错了,同一种的序列可以多下几条,因为ncbi上的序列良莠不齐,多几条可 ...

嗯嗯,的确是反向互补的问题,谢谢!

发自小木虫Android客户端
17楼2016-05-04 08:18:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

中势国度

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by wizardfan at 2016-05-03 13:17:59
你没有给图例,看不出来进化距离...

我做了序列反向互补,结果达到预期,谢谢!

发自小木虫Android客户端
18楼2016-05-04 08:20:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

solomon7811

新虫 (小有名气)

方向不对,你怎么能对齐啊?

发自小木虫Android客户端
19楼2016-05-05 23:19:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

高兴看到问题已解决,不过一般NJ都是用来建guide tree的,maximum likelihood建的树比较准确,还有进化模型选的复杂些
20楼2016-05-06 11:04:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 中势国度 的主题更新
信息提示
请填处理意见