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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » DFT-D2结构优化出错，为什么呢？
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junfei_w

新虫 (小有名气)

[交流] DFT-D2结构优化出错，为什么呢？

请大牛帮我看下我的出错原因，我现在用DFT-D2计算有机杂化分子的结构优化，一直收敛不了，我将出错地方黏贴给大家看，OUTCAR结尾出现以下提示:
bond charge predicted
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
[cli_0]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
[cli_5]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 5
[cli_2]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 2
[cli_3]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 3
[cli_1]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 1
[cli_11]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 11
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
[cli_6]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 6
[cli_13]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 13
[cli_12]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 12
[cli_10]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 10
[cli_4]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 4
[cli_9]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 9
[cli_8]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 8
[cli_7]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 7
[cli_15]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 15
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!           1           1           1
LAPACK: Routine ZPOTRF failed!
[cli_14]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 14
rank 15 in job 1  Newton20_44833   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 15: return code 1
rank 14 in job 1  Newton20_44833   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 14: return code 1
rank 13 in job 1  Newton20_44833   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 13: return code 1
rank 12 in job 1  Newton20_44833   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 12: return code 1
另外，我的INTCAR为：
ENCUT = 400
ISTART=0                              
ICHARG=2                              
ISMEAR=1                              
SIGMA=0.2
ISYM=0
  

NSW=100
ISIF=3                                
IBRION=2                             
POTIM=0.5
EDIFF=1E-5                          
EDIFFG=1E-4

PREC=Accurate     

IVDW=1
#LUSE_VDW=.TRUE.
#AGGAC=0.0000
LVDW=.TRUE.
VDW_RADIUS=30.0
VDW_SCALING=0.75
VDW_S6=0.75
VDW_SR=1.00
VDW_D=20.0
VDW_C6=63.162 31.50 1.23 1.75 0.14
VDW_R0=1.9437 1.892 1.397  1.452 1.001
#LVDW_EWALD=.TRUE.

#GGA = MK
#PARAM1 = 0.1234
#PARAM2 = 1.0000
#LUSE_VDW = .TRUE.
#AGGAC = 0.0000

PSTRESS=0.0
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1楼 2016-04-24 09:52:23
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shaojunp

新虫 (小有名气)
★
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楼主，我想请教一下C6跟R0怎么设置，是vasp手册里每类原子的C6乘以原子个数吗？
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10楼2016-08-30 20:43:00
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普通回帖

蛋蛋小童鞋
顶

发自小木虫Android客户端
2楼2016-04-24 15:54:08
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抖抖豆豆

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
junfei_w: 金币+2 2016-04-25 08:16:50
看起来是MPI 并行计算的问题，不太懂，帮顶

发自小木虫IOS客户端
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work doesn't work without play
3楼2016-04-24 16:25:07
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tsglss

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问，DFT+D的用法什么时候使用阿？就是他的使用范围？能不能用你做的例子呢？谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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做好自己
4楼2016-04-25 08:34:25
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junfei_w

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tsglss at 2016-04-25 08:34:25
请问，DFT+D的用法什么时候使用阿？就是他的使用范围？能不能用你做的例子呢？谢谢

我的体系需要考虑范德瓦尔斯作用，因此需要考虑对DFT修正，至于其它的杂化泛函，真心不懂啊，你可以看看手册，上面有说明的。
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5楼2016-04-25 09:43:32
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tsglss

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by junfei_w at 2016-04-25 09:43:32
我的体系需要考虑范德瓦尔斯作用，因此需要考虑对DFT修正，至于其它的杂化泛函，真心不懂啊，你可以看看手册，上面有说明的。...

是不是二维材料的就必须用D修正呢？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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做好自己
6楼2016-04-25 13:01:08
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抖抖豆豆

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不知道你的问题解决没，我今天也碰到了一个类似的问题，mpirun noticed process rank 33 with PID ....这样的问题，可能是内存不够，我就把任务放到一个节点上算，可以了，不知道有没有帮助

发自小木虫IOS客户端
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work doesn't work without play
7楼2016-04-25 16:38:30
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junfei_w

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 抖抖豆豆 at 2016-04-25 16:38:30
不知道你的问题解决没，我今天也碰到了一个类似的问题，mpirun noticed process rank 33 with PID ....这样的问题，可能是内存不够，我就把任务放到一个节点上算，可以了，不知道有没有帮助
...

谢谢建议，明天再换着算算看，能加你QQ吗？忘以后多交流哈
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8楼2016-04-25 19:57:18
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junfei_w

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tsglss at 2016-04-25 13:01:08
是不是二维材料的就必须用D修正呢？
...

建议多看看相关文章里面的算法，里面会有说明。
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9楼2016-04-25 19:58:03
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