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wrsdaw

新虫 (初入文坛)

[求助] 同一个基因PCR结果显示对照组有单一的目标条带，两个处理组都有两个条带 已有1人参与

求助各位大神：
   我想对几个基因在处理后的表达进行荧光定量，RNA经反转录获得cDNA后进行了PCR,其中有一个基因的PCR结果显示在对照组里有单一的目标条带（约200bp），而处理组除了目标条带还出现了一条更长的条带（约500bp），请问会是什么原因造成的呢？针对该基因的两对引物都出现了同样的情况，此外还知道该基因在处理中被上调了。谢谢各位大神，多多给宝贵的意见。
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1楼 2016-04-22 23:24:44
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
wrsdaw: 金币+5 2016-04-25 20:43:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by wrsdaw at 2016-04-23 15:38:09
谢谢，如果是可变剪切的话，怎么来设计引物做荧光定量呢，是否测序后再来设计呢，谢谢...

测序后再设计，其中一条引物设在可变剪接区。
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6楼2016-04-23 16:10:53
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langzian

木虫 (正式写手)
亲，提问要说详细点，你的处理是怎么处理的，敲除还是插入，或者别的，插入就很容易理解，敲除这种情况也是有可能出现的，但是两个组都出现这种情况就不多了，建议你把片段送去测序看看

发自小木虫Android客户端
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江山
2楼2016-04-22 23:37:36
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wrsdaw

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by langzian at 2016-04-22 23:37:36
亲，提问要说详细点，你的处理是怎么处理的，敲除还是插入，或者别的，插入就很容易理解，敲除这种情况也是有可能出现的，但是两个组都出现这种情况就不多了，建议你把片段送去测序看看
...

大神，不好意思我现在补充一下，我的处理不是敲除和插入，是药物处理植物后提取RNA，通过转录组测序发现该基因上调了，所以针对该基因设计了两对引物进行验证实验，反转录后PCR结果在对照组里得到了目的基因条带，可是两个药物处理组都处理除了目标条带还有一条bp更大的条带，用同样的转录后的cDNA，其他几个基因都没有问题
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3楼2016-04-23 00:11:18
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有可能是可变剪接，有的可变剪接是受诱导的。建议把PCR产物两条带都测序看一下。
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4楼2016-04-23 13:07:27
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