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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 如何统计分子的数目
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muqin牧秦

铜虫 (初入文坛)

[求助] 如何统计分子的数目 已有2人参与

如下图所示，需要统计到达上方那一块的下表面的分子数量，并作出随着模拟过程的进行，粘连的分子的数目的折线图。
这样的功能需要怎么才能实现啊？
卡在这里有点时间了，，寻求大家的帮助啊！！！

如何统计分子的数目
0.35  1746  6个.png
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1楼 2016-04-20 15:37:43
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
muqin牧秦: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-05-05 20:52:33
你的要求并不复杂，自己编程应该容易
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2楼2016-04-20 16:12:41
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muqin牧秦

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2016-04-20 16:12:41
你的要求并不复杂，自己编程应该容易

感觉上应该可以做出来的，但是之前看了manual，没有思路。不知道具体是哪一个可以实现，
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3楼2016-04-20 16:20:56
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by muqin牧秦 at 2016-04-20 16:20:56
感觉上应该可以做出来的，但是之前看了manual，没有思路。不知道具体是哪一个可以实现，...

lammps本身没有这功能，你必须自己另外编程，从trajectory文件理读取原子坐标来分析
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4楼2016-04-20 16:24:52
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
找出z方向上大于或小于某一个值的所有原子就可以了
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5楼2016-04-20 16:29:56
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muqin牧秦

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by abinitio at 2016-04-20 16:29:56
找出z方向上大于或小于某一个值的所有原子就可以了

呃，那是要怎么实现呢？？
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6楼2016-04-20 16:40:22
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muqin牧秦

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ddll_slsl at 2016-04-20 16:24:52
lammps本身没有这功能，你必须自己另外编程，从trajectory文件理读取原子坐标来分析...

还需要另外编程啊，听学长说，好像利用Lammps本身是可以实现的啊。
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7楼2016-04-20 16:41:40
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by muqin牧秦 at 2016-04-20 16:41:40
还需要另外编程啊，听学长说，好像利用Lammps本身是可以实现的啊。...

我不知道如何通过lammps实现，你可以请教你的学长。l
我所能想到的，就是自己编程，用4楼的方法
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8楼2016-04-21 09:05:16
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muqin牧秦

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by abinitio at 2016-04-21 09:05:16
我不知道如何通过lammps实现，你可以请教你的学长。l
我所能想到的，就是自己编程，用4楼的方法...

那使用编程的方法是读取轨迹文件吗？（就是下面我上传的那个）
还有就是我最后有生成了一个data文件，那个用得到吗？
如何统计分子的数目-1
lammpstrj.png
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9楼2016-04-21 09:41:34
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