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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS仿真水分子出现的不合理现象求助
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mileyfan

新虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS仿真水分子出现的不合理现象求助 已有2人参与

大家好
最近尝试用LAMMPS模拟水与一些粒子的反应，在水分子自平衡的过程中会出现单个水分子快速跑离水团的现象，十分困扰！
请问为什么会出现这种情况呢？

我在lammps中用reax力场，加了nvt系综，没有更多fix条件了。
具体如下图

有没有大神可以帮忙解答一下，十分感谢！！！

LAMMPS仿真水分子出现的不合理现象求助
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1楼 2016-04-13 09:00:01
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mileyfan

新虫 (小有名气)
自顶求助啊！！
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2楼2016-04-13 10:28:33
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
估计是初始结构不合理。

先把所有原子速度归零， 并用minimize优化，然后再跑MD
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3楼2016-04-13 14:47:55
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mileyfan

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ddll_slsl at 2016-04-13 14:47:55
估计是初始结构不合理。

先把所有原子速度归零， 并用minimize优化，然后再跑MD

尝试了先minimize一下，可是一跑就会出现lost atom，一步也进行不下去啊！请问为什么会出现这种情况呢？

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4楼2016-04-17 10:27:46
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mileyfan

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ddll_slsl at 2016-04-13 14:47:55
估计是初始结构不合理。

先把所有原子速度归零， 并用minimize优化，然后再跑MD

还有想请问下速度全归0有什么用呢？

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5楼2016-04-17 10:29:59
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)
把输出的能量，力，速度等贴出来

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6楼2016-04-17 10:32:32
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luzihen

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

reax的水我之前弄了很久，和Adri van Duin也来回了几封邮件
几个注意点，
一，timestep要小于等于0.5fs，这非常重要，之前我因为这个出现了很多非物理现象
二，reaxff的bulk water平衡密度小于1,这是力场本身的问题，Adri van Duin自己也说了

lz的问题楼上说得应该应该是对的，估计初始结构太差，能量太高了。重新建模，或者拿TIP3P先优化一下。
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7楼2016-04-17 16:14:36
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