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mileyfan

新虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS仿真水分子出现的不合理现象求助 已有2人参与

大家好
最近尝试用LAMMPS模拟水与一些粒子的反应,在水分子自平衡的过程中会出现单个水分子快速跑离水团的现象,十分困扰!
请问为什么会出现这种情况呢?

我在lammps中用reax力场,加了nvt系综,没有更多fix条件了。
具体如下图

有没有大神可以帮忙解答一下,十分感谢!!!

LAMMPS仿真水分子出现的不合理现象求助
h2o.png
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mileyfan

新虫 (小有名气)

自顶求助啊!!
2楼2016-04-13 10:28:33
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
估计是初始结构不合理。

先把所有原子速度归零, 并用minimize优化,然后再跑MD
3楼2016-04-13 14:47:55
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mileyfan

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ddll_slsl at 2016-04-13 14:47:55
估计是初始结构不合理。

先把所有原子速度归零, 并用minimize优化,然后再跑MD

尝试了先minimize一下,可是一跑就会出现lost atom,一步也进行不下去啊!请问为什么会出现这种情况呢?

发自小木虫Android客户端
4楼2016-04-17 10:27:46
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mileyfan

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ddll_slsl at 2016-04-13 14:47:55
估计是初始结构不合理。

先把所有原子速度归零, 并用minimize优化,然后再跑MD

还有想请问下速度全归0有什么用呢?

发自小木虫Android客户端
5楼2016-04-17 10:29:59
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

把输出的能量,力,速度等贴出来

发自小木虫Android客户端
6楼2016-04-17 10:32:32
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luzihen

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

reax的水我之前弄了很久,和Adri van Duin也来回了几封邮件
几个注意点,
一,timestep要小于等于0.5fs,这非常重要,之前我因为这个出现了很多非物理现象
二,reaxff的bulk water平衡密度小于1,这是力场本身的问题,Adri van Duin自己也说了

lz的问题楼上说得应该应该是对的,估计初始结构太差,能量太高了。重新建模,或者拿TIP3P先优化一下。
7楼2016-04-17 16:14:36
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