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ly_0

新虫 (初入文坛)

[求助] Cytoscape求助 已有2人参与

用Cytoscape做GO分析,得到的网络似乎有点大。想要取P值高的,想根据P值大小排个序,可是下边的P值被认定是字符串,要咋办啊?

Cytoscape求助
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ly_0

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by kuyi2 at 2016-05-20 11:10:57
有没有中文教程,发一份

http://www.plob.org/2013/10/26/6289.html

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  • 附件 1 : Cytoscape使用方法(正式版本).pdf
  • 2016-06-03 18:21:21, 2.12 M
6楼2016-06-03 18:22:35
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ly_0

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 泥娃娃5330 at 2016-05-31 23:07:16
楼主怎么做的图  怎么得到的数据,刚刚接触,很多都不懂!

我用的STRING数据库:http://string-db.org/
数据库把网络建好后把网络文件(TSV格式的)下载下来,在Cytoscape中
导入(File → Import → Network(Multiple File Types)
8楼2016-06-03 18:45:20
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kuyi2

木虫 (正式写手)

请教下怎么倒入数据啊?
2楼2016-05-20 11:08:34
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kuyi2

木虫 (正式写手)

有没有中文教程,发一份
3楼2016-05-20 11:10:57
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泥娃娃5330

新虫 (初入文坛)

楼主怎么做的图  怎么得到的数据,刚刚接触,很多都不懂!

发自小木虫Android客户端
4楼2016-05-31 23:07:16
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珍维永久

金虫 (小有名气)

楼主,蛋白通路的网络怎么构建呢?能否告诉下一般步骤呢,不胜感激!
5楼2016-06-02 17:05:53
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ly_0

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 珍维永久 at 2016-06-02 17:05:53
楼主,蛋白通路的网络怎么构建呢?能否告诉下一般步骤呢,不胜感激!

我参考的这个:http://www.plob.org/2013/10/26/6289.html
7楼2016-06-03 18:32:04
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夕枫L

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by ly_0 at 2016-06-03 18:45:20
我用的STRING数据库:http://string-db.org/
数据库把网络建好后把网络文件(TSV格式的)下载下来,在Cytoscape中
导入(File → Import → Network(Multiple File Types)...

楼主,小弟不才最近也在弄cytoscape,想咨询您关于cytoscape插件clusterONE的使用
9楼2016-08-25 11:14:40
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夕枫L

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

LZ,为什么用cytoscape来做GO分析呢?最近才开始学,没想到cytoscape还能做GO分析。clusterONE插件用的会吗?可以分析出modules吗?
10楼2016-08-25 11:24:51
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