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sunmaocai

铜虫 (小有名气)

[交流] 郁闷中 求助

我pcr,现在只能跑出模板,跑过梯度还是跑不出来,为什么啊?模板是没问题的,做过测序了
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-2 21:37
1、PCR体系不良
建议把你的序列信息(长度、GC比等)、PCR体系、循环条件等贴出来让大家看看,一起交流
2、酶有问题,我发现takara的酶稳定性很差
3、引物设计不好
2楼2008-10-23 15:38:41
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shs304

金虫 (正式写手)

换引物!!!11
3楼2008-10-23 15:42:22
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sunmaocai

铜虫 (小有名气)

序列1300bp
20ul体系:水    14.5ul
          10buffer   2ul
               10mmDNTPs  0.4ul
                引物各0.4ul
               氯化镁1ul
               Tap酶0.3ul
                DNA1ul
循环条件:
94度预变性5m  
94度1m
53到73度50s
72度1m
        各位大侠看看,帮帮忙
72度10m
4楼2008-10-23 15:53:07
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

首先,建议预变性时间再长一点试试看
比如10min
退火温度最好是73→53往下降而不是往上升,退火温度的最低点至少比软件算的Tm再减5度。另外,73度我觉得是没什么意义的,还不如从65甚至60度开始往下降,每降1个循环2~3次,到53(假设是53)在循环多一些
一般来说退火时间30s是足够的,但我试过需要退火40s左右,可能跟我的引物CG比太低有关
buffer是Mg2+ free的?一般来说不用再另外加镁,除非是buffer里头没有。有时候,Mg太高是不利于PCR的,我试过~~会出现一大片smear,错误率也高
酶的话,建议用好一点的酶
反正我用Takara的Ex Taq做不出来的,用Invitrogen的白金高保真Taq就做出来了,不过价格相差五六倍……但实验能做出来也值了
一个50ul体系,一般用1单位酶,20ul的话就按照比例减少。你看看这里的酶会不会不适
一般的Taq的聚合速度是1kb/min,你要扩1300,保险一点最好延伸1.5min。你这里的延伸时间有点短,除非你用的是高速的酶

根据以上几点再试试看能不能做出来
5楼2008-10-23 18:52:32
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