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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 兼并引物
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sangnana

新虫 (初入文坛)

[求助] 兼并引物 已有1人参与

有谁知道兼并引物如何设计，求指导，谢谢谢谢

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1楼 2016-04-06 20:42:15
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鹏蛋儿

新虫 (初入文坛)
我设计过，我是进行同源克隆的。有意可以私聊

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9楼2016-04-09 18:48:43
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sangnana

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by tangbowen at 2016-04-07 12:43:13
找到氨基酸序列，用blockmaker划分保守区，进去codehop，设置参数，选取引物
...

问一下，这样的同源序列可以用来设计兼并引物嘛？我看了一下资料说必须要有至少6个aa的保守区，并且要有合适的距离，就是至少距离50个aa，我比对出来的有很多个保守区，只要有符合的两个保守区就可以了吧？还是必须只有两个，并且距离合适才可以
兼并引物



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6楼2016-04-07 16:40:19
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tangbowen

新虫 (小有名气)
Codehop

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2楼2016-04-06 21:10:02
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sangnana

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tangbowen at 2016-04-06 21:10:02
Codehop

求指教

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3楼2016-04-07 09:50:51
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sandycool

铁虫 (正式写手)
昨天设计了一天也没设计出来

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4楼2016-04-07 12:33:01
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tangbowen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sangnana at 2016-04-07 09:50:51
求指教
...

找到氨基酸序列，用blockmaker划分保守区，进去codehop，设置参数，选取引物

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5楼2016-04-07 12:43:13
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tangbowen

新虫 (小有名气)
可以啊，我觉得相似性挺高的

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7楼2016-04-07 19:20:25
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梅太奇阿拉干

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sangnana at 2016-04-07 16:40:19
问一下，这样的同源序列可以用来设计兼并引物嘛？我看了一下资料说必须要有至少6个aa的保守区，并且要有合适的距离，就是至少距离50个aa，我比对出来的有很多个保守区，只要有符合的两个保守区就可以了吧？还是必须 ...

Codehop只要有三个aa就行,软件会自己生成所有的兼并区，自己选兼并区间就行，引物选兼并度低，退火温度高，分数高的比较好，还有注意选择密码偏号表

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8楼2016-04-08 23:03:58
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_晚客

银虫 (小有名气)
同源克隆任重道远，加油吧

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10楼2016-04-09 19:07:12
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