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sunny0819新虫 (小有名气)
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[求助]
MLST分析大神 已有1人参与
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已测序完，想要和MLST官网上序列进行比对确定ST分型，可是要怎么比对，百度了好多，都没有详细的步骤，进入MLST官网发现数据分析那块网页打不开呢，是在那里分析吗？还是我找错了，金币不多，做过的麻烦解答下吧！！！跪谢！！！ 发自小木虫Android客户端 |
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solomon7811
新虫 (小有名气)
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- 专业: 传染病流行病学
6楼2016-05-12 06:29:06
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西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-05-12 08:14:31
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-05-12 08:14:31
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我也是刚刚学会，叙述不对的地方请谅解。 下面已单增李斯特菌为例： 1、将测序完的碱基序列复制到次网站窗口中http://bigsdb.web.pasteur.fr/perl/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_listeria_seqdef_public&page=sequenceQuery，选择位点，然后提交。 2、将所有看家引物提交结果输入此网站中http://bigsdb.web.pasteur.fr/perl/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_listeria_seqdef_public&page=sequenceQuery，提交得到MLST型。 3、在这里http://bigsdb.web.pasteur.fr/选择你要测定的菌。进入后点Sequences and profiles database 下的[Public] ，点Sequence query - query an allele sequence.进入上面的1，点Search profiles进入2,。 知道的就这些了。 |
2楼2016-04-21 17:34:12
【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-05-12 08:15:38
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-05-12 08:15:38
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你先找到你的菌的marker gene都有哪些（比如有的菌用的除了16s rRNA还有gdp什么的） 具体的你可以去MLST王章上找 应该有说一些reference marker 其次这些marker的基因长度是需要跟mlst网站里的一样的，比如有的基因他网站的reference长度是100，但是我们手头的这个基因由于一些原因（比如注释）可能是135或者别的 这种情况需要先Blast把手头基因处理成100 把他要求的marker按照同样长度输进去就出来了 #大概去年用过，也出过类似问题，是这么解决的# |
3楼2016-05-02 17:00:34
sunny0819
新虫 (小有名气)
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5楼2016-05-11 12:51:37
