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人人余yan金虫 (著名写手)
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[求助]
求教：声子谱数据处理 Traceback (most recent call last): 已有1人参与
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在虚拟机上处理声子谱 ，phonopy -f {001..588}/vasprun.xml之后出现下面的问题，对程序这些不懂，希望虫友帮忙解决一下 提示如下： xu@xu-VirtualBox:~/workplace/export$ phonopy -f {001..588}/vasprun.xml _ _ __ | |__ ___ _ __ ___ _ __ _ _ | '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | | | |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| | | .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, | |_| |_| |___/ 1.10.0 counter (file index): 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 Traceback (most recent call last): File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/bin/phonopy", line 533, in <module> log_level) File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/__init__.py", line 135, in create_FORCE_SETS is_zero_point=options.force_sets_zero_mode) File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/vasp.py", line 83, in parse_set_of_forces _iterparse(force_files, tag='varray')) File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/vasp.py", line 554, in _get_forces_vasprun_xml for event, element in vasprun: File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/vasp.py", line 532, in _iterparse for event, elem in etree.iterparse(fname): File "<string>", line 107, in next cElementTree.ParseError: no element found: line 678, column 0 |
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