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人人余yan

金虫 (著名写手)

[求助] 求教:声子谱数据处理 Traceback (most recent call last): 已有1人参与

在虚拟机上处理声子谱 ,phonopy -f {001..588}/vasprun.xml之后出现下面的问题,对程序这些不懂,希望虫友帮忙解决一下
提示如下:
xu@xu-VirtualBox:~/workplace/export$ phonopy -f {001..588}/vasprun.xml
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                                      1.10.0

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  File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/bin/phonopy", line 533, in <module>
    log_level)
  File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/__init__.py", line 135, in create_FORCE_SETS
    is_zero_point=options.force_sets_zero_mode)
  File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/vasp.py", line 83, in parse_set_of_forces
    _iterparse(force_files, tag='varray'))
  File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/vasp.py", line 554, in _get_forces_vasprun_xml
    for event, element in vasprun:
  File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/vasp.py", line 532, in _iterparse
    for event, elem in etree.iterparse(fname):
  File "<string>", line 107, in next
cElementTree.ParseError: no element found: line 678, column 0
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小虫虫LG

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 辛苦了,欢迎常来 2016-04-06 08:23:15
可能是POSCAR127或者128计算有问题,重新算一遍试试

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-04-03 10:36:38
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人人余yan

金虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小虫虫LG at 2016-04-03 10:36:38
可能是POSCAR127或者128计算有问题,重新算一遍试试

127和127没有问题,有一个没有算完,又重新提了一下,但之前没算完处理的时候提示不是这样的,具体还要算完在看一下,感谢回复

发自小木虫Android客户端
3楼2016-04-03 11:19:55
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obaica

禁言 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

4楼2016-04-05 11:22:10
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人人余yan

金虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 人人余yan at 2016-04-03 11:19:55
127和127没有问题,有一个没有算完,又重新提了一下,但之前没算完处理的时候提示不是这样的,具体还要算完在看一下,感谢回复
...

问题解决了~,又是自己马虎了,我的病:'(

发自小木虫Android客户端
5楼2016-04-05 11:57:57
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小虫虫LG

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 人人余yan at 2016-04-05 11:57:57
问题解决了~,又是自己马虎了,我的病:'(
...

到底啥问题呢?
6楼2016-04-06 10:22:50
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)

楼主是怎么解决的呢,我也遇到了类似的问题
你想要什么,如何得到想要的,现在应该怎么做?
7楼2016-04-12 20:20:07
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人人余yan

金虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaoxuan1111 at 2016-04-12 20:20:07
楼主是怎么解决的呢,我也遇到了类似的问题

应该是数据没传全,又传了一次就好了

发自小木虫Android客户端
8楼2016-04-12 21:18:03
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 人人余yan at 2016-04-12 21:18:03
应该是数据没传全,又传了一次就好了
...

好吧,,,,
你想要什么,如何得到想要的,现在应该怎么做?
9楼2016-04-12 21:20:40
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人人余yan

金虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by xiaoxuan1111 at 2016-04-12 21:20:40
好吧,,,,...

我现在又碰到了这个问题~

发自小木虫Android客户端
10楼2016-04-12 21:52:07
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