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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求教：声子谱数据处理 Traceback (most recent call last):
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人人余yan

金虫 (著名写手)

[求助] 求教：声子谱数据处理 Traceback (most recent call last): 已有1人参与

在虚拟机上处理声子谱 ，phonopy -f {001..588}/vasprun.xml之后出现下面的问题，对程序这些不懂，希望虫友帮忙解决一下
提示如下：
xu@xu-VirtualBox:~/workplace/export$ phonopy -f {001..588}/vasprun.xml
        _                                    
  _ __ | |__   ___  _ __   ___   _ __  _   _
| '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | |
| |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| |
| .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, |
|_|                            |_|    |___/
                                      1.10.0

counter (file index): 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 Traceback (most recent call last):
  File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/bin/phonopy", line 533, in <module>
    log_level)
  File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/__init__.py", line 135, in create_FORCE_SETS
    is_zero_point=options.force_sets_zero_mode)
  File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/vasp.py", line 83, in parse_set_of_forces
    _iterparse(force_files, tag='varray'))
  File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/vasp.py", line 554, in _get_forces_vasprun_xml
    for event, element in vasprun:
  File "/home/xu/opt/phonopy-1.10.0/lib/python/phonopy/interface/vasp.py", line 532, in _iterparse
    for event, elem in etree.iterparse(fname):
  File "<string>", line 107, in next
cElementTree.ParseError: no element found: line 678, column 0
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1楼 2016-04-03 09:53:42
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小虫虫LG

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 辛苦了，欢迎常来 2016-04-06 08:23:15
可能是POSCAR127或者128计算有问题，重新算一遍试试
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

人人余yan
2楼2016-04-03 10:36:38
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人人余yan

金虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小虫虫LG at 2016-04-03 10:36:38
可能是POSCAR127或者128计算有问题，重新算一遍试试

127和127没有问题，有一个没有算完，又重新提了一下，但之前没算完处理的时候提示不是这样的，具体还要算完在看一下，感谢回复

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3楼2016-04-03 11:19:55
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obaica

禁言 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2016-04-05 11:22:10
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人人余yan

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 人人余yan at 2016-04-03 11:19:55
127和127没有问题，有一个没有算完，又重新提了一下，但之前没算完处理的时候提示不是这样的，具体还要算完在看一下，感谢回复
...

问题解决了~，又是自己马虎了，我的病:'(

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5楼2016-04-05 11:57:57
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小虫虫LG

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 人人余yan at 2016-04-05 11:57:57
问题解决了~，又是自己马虎了，我的病:'(
...

到底啥问题呢？
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6楼2016-04-06 10:22:50
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)
楼主是怎么解决的呢，我也遇到了类似的问题
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你想要什么，如何得到想要的，现在应该怎么做？
7楼2016-04-12 20:20:07
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人人余yan

金虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaoxuan1111 at 2016-04-12 20:20:07
楼主是怎么解决的呢，我也遇到了类似的问题

应该是数据没传全，又传了一次就好了

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8楼2016-04-12 21:18:03
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 人人余yan at 2016-04-12 21:18:03
应该是数据没传全，又传了一次就好了
...

好吧，，，，
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你想要什么，如何得到想要的，现在应该怎么做？
9楼2016-04-12 21:20:40
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人人余yan

金虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xiaoxuan1111 at 2016-04-12 21:20:40
好吧，，，，...

我现在又碰到了这个问题~

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10楼2016-04-12 21:52:07
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